בוועדת המדע והטכנולוגיה של הכנסת התנהל הבוקר ויכוח עז בין תומכי מאגר הנתונים הביומטרי לבין מתנגדיו,  כשברקע הוויכוח פתיחתו של פיילוט ההרצה, של המאגר הביומטרי, לפני שבועות ספורים. מתנגדי הפרוייקט הביעו חשש כי הפרטיות תיפגע והמאגר הביומטרי ייפרץ – ואילו תומכיו אמרו כי סטנדרט האבטחה של המאגר גבוה מאוד ועומד בתקן של "סודי ביותר".

ח"כ תמר זנדברג (מר"צ) שהייתה מיוזמי הדיון טענה כי למעשה עד עכשיו לא ברורים לה העקרונות שהובילו לעצם ההחלטה להקים את מאגר שיש בו כדי לחדור לפרטיות האזרח ולא רק בשל בעיות אבטחת המידע. בנוסף טענה ח"כ זנדברג כי היא איננה מבינה מדוע הוחלט לחבר את פרויקט תעודת הזהות עם המאגר הביומטרי.

עוד מיוזמי הדיון ומהמתנגדים למאגר הביומטרי היה ח"כ דב חנין (חד"ש) שאמר כי "רעיון המאגר הביומטרי הוא רעיון בעייתי פסול ומסוכן. הפיילוט שהחל לפני תקופה קצרה הוא למעשה סוס טרויאני שתכליתו להכניס את המאגר בדלת הראשית. אנחנו לא רוצים לחיות בחברה של האח הגדול.  לא נכון לתת לשלטון לשלוט בנו באופן כל כך קיצוני. כל מאגר מאובטח דינו בסופו של דבר להיפרץ. הפיילוט יוכיח שלא ניתן לעמוד בדרישות הסף שקבעה הצעת החוק בהיבטי אבטחת המידע. הדרישה שלי ממשרד הפנים הוא לעצור בשלב זה את הפיילוט".

מתנגד נוסף למאגר היה ח"כ משה פיגלין (הליכוד ביתנו) שטען כי "הוא חושש הרבה יותר משימוש מסוכן של המדינה במאגר הביומטרי מאשר מחדירה של ארגוני הפשיעה אליו. אנחנו נלחמים כאן על חירותנו כבני אדם ובמקרה של המאגר הביומטרי מדובר כאן במדרון חלקלק שעלול להוביל  לאובדן החירות".

על טענות חברי הכנסת השיבה סגנית שר הפנים ח"כ פאינה קירשנבאום שטענה כי "אין בחדירה למאגר הביומטרי כדי לחשוף נתוני אישים רגישים משום שהמאגר עצמו איננו מקושר למאגרים אחרים. בישראל ישנם עשרות מאגרים שניתן למצוא בהם נתונים רגישים הרבה יותר למרות שרמת אבטחת המידע שלהם נמוכה הרבה יותר מזו שקיימת במאגר הביומטרי ובכל זאת אנשים בישראל לא חוששים לנדב את טביעות האצבע שלהם לאותם מאגרים".

עוד טענה סגנית השר כי "תעודת הזהות הביומטרית מאפשרת לנו למנוע סיטואציות של גנבת זהות. בכל שנה בישראל נעלמות כ-160 אלף תעודות זהות ולא ניתן אי  לדעת בוודאות בכמה מהמקרים מדובר באובדן למול מספר מקרי הגניבה. מאז שהפיילוט החל לרוץ, חמישים אחוז מהאזרחים שפנו לחדש את תעודות הזהות שלהם או הדרכון ביקשו לנצל את ההזדמנות כדי להוציא תעודת זהות ביומטרית".

ח"כ מאיר שיטרית (התנועה) שיזם והוביל את הקמתו של המאגר הביומטרי כיו"ר ועדת המדע והטכנולוגיה לשעבר אמר כי "יש קבוצה של אנשים שמפחידה את הציבור באופן הזוי. אם הייתי שר הפנים לא הייתי פוחד לחייב את כל האזרחים להנפיק תעודת זהות ביומטרית מבלי לבחון את הנושא בפיילוט.

"על פי נתונים שקיבלתי מהמשטרה ישנם בישראל כ-350 אלף אנשים שמחזיקים תעודות זהות מזויפות", אמר ח"כ שטרית. "אותם אנשים מבצעים בכל שנה אלפי עברות, כך שהחדירה לפרטיות קיימת בכל מקרה גם היום. כששמעתי את הנתונים הללו לא הצלחתי להירדם בלילה. בכל מדינות אירופה יש מאגרים ביומטריים. יש למעלה ממיליון ומאתיים ישראלים שנכנסו לארה"ב והסכימו להשאיר בכניסה למדינה את טביעות האצבע שלהם. נתונים אלו עוברים בהמשך באופן אוטומטי גם למדינות אחרות. בחמש השנים האחרונות שירות התעסוקה בישראל מחזיק  מאגר הביומטרי מבלי שהדבר מגובה או נדרש על פי חוק ובכל זאת מאגר זה לא נפרץ.

גון קמני, ראש הרשות לניהול המאגר הביומטרי טען בדיון לטובת המאגר הביומטרי ואבטחתו כי השב"כ הגדיר שמנהלת כי המאגר הביומטרי חייב לעמוד בסטנדרט אבטחה בסטאטוס של סודי ביותר. מתוך 20 עובדים שעובדים ברשות רק בודדים ראשיים להיחשף לכל המידע. אותם אנשים מחזיקים בסיווג ביטחוני גבוהה. הגדרנו במנהלת בין השאר כי תכליתה של תקופת המבחן בהרצת הפיילוט תהיה לבחון את עצם נחיצותו של המאגר.

יו"ר הוועדה ח"כ משה גפני סיכם כי לאור החששות הכבדים שעולים מהפעלת המאגר במציאות שבה אדם עלול לאבד את פרטיותו, הוועדה תמשיך לעקוב באופן צמוד אחר התקדמות המאגר בתקופת הפיילוט. לדברי ח"כ גפני, המידע שנחשף בשבוע האחרון מעיד על כך שקיים חשש כי רמת אבטחת המידע על המאגר עלול להיות לא מספק. ובכל מקרה יש מקום לבדוק את עצם נחיצות המאגר למול התועלת שניתן לקבל ממנו.