שורה של ליקויים מהותיים, בהפעלת המאגר הביומטרי, נמצאו בדו"ח מבקר המדינה העוסק בניסוי שנערך בשנתיים האחרונות. בדוח קובע מבקר המדינה, השופט בדימוס יוסף שפירא, כי המערכת נכשלה באימות זהותם של הנבדקים ב-25% מהניסיונות וכי המערכת נכשלה באימות טביעות האצבע בלא פחות מ-35% מהניסיונות. עוד קובע המבקר כי משרד הפנים ניפק כ-2300 תעודות זהות לאזרחים שנכשל אימות הזהות שלהם. המבקר מציין כי בשל התקלות הוחלפו הסורקים, אך לאחר מכן התברר כי אי אפשר לעשות שימוש במידע שנאסף בעזרת הסורקים הקודמים.

במשך שנים מתמודדת מדינת ישראל עם זיוף תעודות זהות, דרכונים ותעודות מעבר וכן תופעות של "גניבת זהות". כדי לתת תשובה לכך קיבלה הכנסת, בדצמבר 2009, חוק שלפיו יונפקו לתושבי ישראל מסמכי זיהוי בעלי שבב אלקטרוני שיאפשרו לאמת את זהות מחזיקיהם באמצעות מידע ביומטרי שייכלל בשבב – תמונה של תווי הפנים ותמונות של שתי טביעות אצבעות. כמו כן נקבע כי המידע הביומטרי יישמר לא רק בתעודות עצמן אלא גם במאגר מידע מרכזי.

בשל המחלוקת שהתעוררה בנוגע להקמת המאגר הביומטרי, נקבע כי תתקיים תקופת מבחן של שנתיים כדי לבחון בין השאר את נחיצות קיומו של מאגר ביומטרי, את המידע שיש לשמור בו ואת אופן השימוש במאגר.

בחודשים ינואר-יולי 2014 בדק משרד מבקר המדינה את הפעולות שעשו רשות האוכלוסין וההגירה והרשות לניהול המאגר הביומטרי בשנה הראשונה של תקופת המבחן. בדיקות השלמה נערכו בחודשים ספטמבר 2014 – ינואר 2015.

במהלך הבדיקה התגלתה שורה של ליקויים ובהם:

•           היעדר מידע ונתונים אודות תופעות גניבת הזהות וההתחזות

•           שימוש במערכת השוואה ביומטרית זמנית בתקופת המבחן

•           במהלך תקופת המבחן הוחלפו סורקי טביעות האצבע, שמלכתחילה היו ספקות לגבי איכות ביצועיהם. עם זאת נלקחו טביעות אצבע מ-430,000 תושבים בסורק, למרות שרשות האוכלוסין והרשות לניהול המאגר הביומטרי סברו שאינו מתאים ויש צורך להחליפו בדחיפות

•           ליקוי מרכזי אחר שנתגלה הוא תשאול שאינו מספק כדי לאמת סופית את זהות מבקשי התעודות. מטרת התשאול לאמת את זהות מבקשי התעודות החכמות כדי למנוע הנפקת תעודה חכמה למתחזים. המבקר קובע כי התשאול בדרך הנוכחית אינו מספק, משום שרשימת השאלות מצומצמת מדי. עד חודש ינואר 2015 חלופת התשאול כלל לא נבחנה.

המבקר ממליץ כי לפני שתתקבל החלטה בסיומה של תקופת המבחן בדבר הצורך בקיומו של מאגר ביומטרי, על משרד הפנים להביא לפני מקבלי ההחלטות מידע ונתונים אודות תופעות גנבת הזהות וההתחזות והנזק הנגרם בגינן. בדו"ח נאמר כי אין להסתפק בנתונים על הקלות שבה ניתן לזייף את התעודות הישנות – נתונים המצדיקים את המעבר לשימוש בתעודות חכמות, אך לא בהכרח את הצורך במאגר.

המבקר אומר כי הן במאגר הבימטרי והן על גבי התעודות החכמות מצויות מאות אלפי טביעות אצבע שנסרקו בסורק שהוחלט להחליפו – וכי יש לבחון ביסודיות את ההשפעות של קיומן של טביעות אצבע אלה, שנלקחו ע"י הסורק שהוחלף. המבקר קובע עוד כי על רשות האוכלוסין להמשיך ולפעול כדי לחזק את מהימנות התשאול לצורך אימות זהותם של מבקשי תעודות חכמות.

מבקר המדינה התריע ב-14 באפריל 2015, במכתב ששלח לראש הממשלה ולשר הפנים דאז על כך שהביקורת מצאה ליקויים מהותיים בבחינת נחיצות המאגר הביומטרי.

יו"ר הוועדה לענייני ביקורת המדינה, ח"כ קארין אלהרר (יש עתיד) תכנס את הוועדה בשבוע הבא לדיון בדו"ח המבקר בעניין המאגר הביומטרי.

לדברי ח"כ אלהרר "אסור למדינה להעביר את החוק לפני שנדון בוועדה במסקנות המבקר. הדו"ח מעלה כשלים רבים ומדינת ישראל לא יכולה לעבור למאגר הביומטרי עד תיקון כל הכשלים באופן מקצועי ומעמיק".

ח"כ תמר זנדברג אמרה בתגובה: "דו"ח מבקר המדינה בנושא המאגר הביומטרי מדהים בחומרתו. במשך שנתיים אני טוענת כי לחברי הכנסת נמסר מידע חלקי ולא אמין, ודו"ח מבקר המדינה הסיר היום את הלוט מעל הנושא. עבודת הפיילוט היתה רצופת טעויות מתחילתה ונראה ששום שלב לא נעשה כראוי. שורת הכשלים שהמבקר גילה כוללת בין השאר סריקות אצבע של 430 אלף אזרחים שנעשו בסורק לא מתאים וכיום לא ברור מה יש לעשות איתן, תשלום עבור 5 מיליון תעודות ביומטריות בעת שנעשה שימוש רק במיליון, אי-איסוף מידע ונתונים רלבנטיים לדיווח, זלזול בהליך התשאול לתעודה, והבעיה העיקרית והקרדינלית לפיה כלל לא נבדקה התועלת במעבר לתעודות ביומטריות, למרות שזו היתה העילה המרכזית ליציאה לפיילוט.

"בהתחשב בשורת הכשלים שהדו"ח חושף קשה להאמין כי הפיילוט פועל כה מעט זמן. נראה כאילו השנתיים האחרונות יצאו מתוך סיפור על חכמי חלם. כנבחרת ציבור וכאזרחית אני מאוד מודאגת מהממצאים ומהעובדה שהם הוסתרו מחברי הכנסת שמונו לפקח על עבודה הפיילוט.

"אני קוראת לתת הוועדה החדשה ולשרים הממונים לבטל את פיילוט המאגר ולהציל את אזרחי ישראל מכלא ביומטרי שאין ממנו דרך חזרה".