מחלוקת התגלתה בישיבת הקבינט המדיני ביטחוני שהתקיימה ביום רביעי האחרון בין שר הביטחון אביגדור ליברמן לבין ראש אגף המבצעים במטכ"ל האלוף ניצן אלון בסוגיית החזרת גופות מחבלים למשפחותיהם. על רקע המחלוקת בין שר הביטחון לבין צה"ל הוחלט בישיבה על פשרה מוזרה מעט לפיה גובשה עמדה שתימסר לבג"ץ ככל הנראה היום (שישי).
עמדת המדינה שגובשה היא שהחזרת גופות המחבלים תתבצע לפי השיוך הארגוני שלהם. כלומר, גופות מחבלים שמשתייכים לחמאס לא יוחזרו בעוד שגופות של מחבלים ללא שיוך ארגוני או כאלה שהשתייכו לפתח או לארגונים אחרים שאינם חמאס או משויכים לו, יוחזרו. המשמעות המידית היא שמתוך חמש גופות שבידי ישראל שלוש גופות של מחבלים שאינם משתייכים לחמאס יוחזרו למשפחות ושתי גופות של אנשי חמאס יוחזקו בידי ישראל. מדובר בגופות חמישה מחבלים פלסטינים מהגדה המערבית שביצעו פיגועים בחודשים האחרונים.

האלוף אלון, שייצג את עמדת צה"ל בישיבה, ושר הביטחון ליברמן, הציגו עמדות הפוכות בנושא. בעוד ליברמן הביע התנגדות מוחלטת להחזרת גופות מחבלים למשפחותיהם וטען כי מדיניות כזו תביא להגברת ההרתעה עבור מחבלים פוטנציאליים ועשויה להביא להפחתה במספר הפיגועים, האלוף אלון הבהיר כי צה"ל תומך בהחזרת הגופות למשפחות. הוא הסביר כי לדעת צה"ל, החזקת הגופות בידי ישראל גורמת להגברת המתיחות, אינה מרתיעה מחבלים פוטנציאלים ועלולה להביא לפיגועים נוספים.  דיון הקבינט בנושא התקיים כחלק מגיבוש תשובת המדינה לבג"ץ שהגישו כמה ממשפחות המחבלים שדרשו לקבל את גופות בניהן. שופטי בג"ץ דרשו מהמדינה לנמק מדוע היא אינה מחזירה את הגופות.