למרות הצהרות משרד החוץ על התחממות היחסים בין ישראל לטורקיה, הוציא שלשום בצהריים (יום שני) בית משפט באיסטנבול צווי מעצר לארבעה בכירים ישראלים שהיו מעורבים בתקרית המרמרה לפני ארבע שנים, בהם הרמטכ"ל דאז, רב-אלוף במיל' גבי אשכנזי. בית המשפט באיסטנבול אף שיגר פנייה רשמית אל האינטרפול ובה בקשה לעצור את אשכנזי, את מפקד חיל הים לשעבר האלוף במיל' אליעזר מרום (צ'ייני), את ראש אמ"ן לשעבר האלוף במיל' עמוס ידלין ואת ראש להק מודיעין בחיל האוויר תת-אלוף במיל' אבישי לוי, אשר היו מעורבים בתקרית.

מאז התקרית במאי 2010 דרש ראש ממשלת טורקיה רג'פ טאיפ ארדואן מישראל להתנצל, ותקף אותה פעם אחר פעם כשאיננו חוסך במילות גינוי. בנוסף להתנצלות ופיצויים למשפחות ההרוגים, ארדואן דרש מישראל להסיר את המצור מעזה ובחודש שעבר הכריז כי על טורקיה וישראל לחתום על פרוטוקול ובו יצוין כי הסרת המצור הנה תנאי לנירמול היחסים בין שתי המדינות.

התביעה בטורקיה דורשת מאסר עולם לארבעה, לאחר שלטענתה התקבלו 33 תלונות מקרובים של הרוגי המשט לעזה. בחודש מרץ השנה שוחח ראש הממשלה בנימין נתניהו עם ארדואן והתנצל על תוצאות המשט לטורקיה. לשכת ראש הממשלה פרסמה הבהרה לפיה השניים הגיעו לידי הסכמה על חידוש היחסים התקינים בין המדינות והפסקת ההליכים המשפטיים נגד חיילי צה"ל ומפקדיו. עוד פורסם כי ישראל תעביר סכומי כסף כפיצוי, שלא יועברו ישירות לידי משפחות ההרוגים אלא לקרן הומאניטארית.

בשבת שחלפה פורסם, כי מת מפצעיו אוגור סוליימן סויילמז, ההרוג העשירי במשט, לאחר שהיה שרוי בתרדמת מאז המשט. בתגובה לכך פרסם היום (שלישי) ארגון שורת הדין תגובה לפיה פעל הארגון בזמנו במישור המשפטי ופנה לבג"ץ בעתירה שביקשה למנוע את שחרורם המידי של עצורי המשט בטרם יחקרו. הארגון טען כי ללא עדויותיהם לא יהיו בידי ישראל ראיות תומכות למה שהתרחש באמת על סיפון המרמרה. "הדברים נאמרו בראייה לטווח ארוך למקרה שבו יוגשו כתבי אישום", נאמר בתגובת הארגון, "לצערנו המדינה חשבה אחרת… וכיום נאלצת להתמודד עם התוצאות.. לו היתה אוספת את אותן ראיות.. אף שופט חוקר ואף קצין אינטרפול לא היו מוכנים להוציא צווי מעצר בינלאומיים נגד חיילי צה"ל", לשון התגובה.

ב-6 בנובמבר 2012 נפתח בבית המשפט לפשעים חמורים שבטורקיה דיון שכלל הליך שימוע לארבעת הקצינים הישראליים. ארבעתם הועמדו לדין בגין אחריותם, לטענת התביעה הטורקית, להרג תשעת "השאהידים", על סיפון המאווי מרמרה. כתבי האישום כללו סעיפים קשים כשבתוכם "הסתה לרצח באמצעות עינוי", הסתה לפגיעה באמצעות נשק חם", ועוד.

ארגון ה-IHH הטורקי ,שארגן את המשט ופעיליו נטלו חלק בלחימה נגד חיילי צה"ל בעת ההשתלטות על הספינה, ניצח על האירוע וארגן הפגנה מתוקשרת מחוץ לכותלי בעית המשפט הטורקי. בהפגנה הציג תמונות של מבוקשים (wanted) וכרזות אנטי ישראליות עם דגלי טורקיה ופלסטין, כולל אלו המשוות בין ישראל והציונות להיטלר ולנאצים. הארגון אף דאג לזמן את התקשורת הבינלאומית לסקר את האירוע.

מנהיג הארגון בולנט ילדרים התבטא, כי בעקבות המשפט יקשה על בכירים ישראלים ואף חיילים שהשתתפו באירוע לצאת לחו"ל, שכן הוא מצפה שיוצאו פקודות מאסר נגד אלו "שגרמו לרצח אנשים בכוונת תחילה".