לוחמי חיל הים השתלטו לפנות בוקר (שני) על הספינה "מאריאן" בעת שהיתה בדרכה לרצועת עזה.  דובר צה"ל מסר כי "בהתאם להחלטת הדרג המדיני ולאחר שמוצו כל הפניות בצינורות הדיפלומטיים למנוע מכלי השיט "מריאן" מלהגיע לחופי רצועת עזה ולהפר את הסגר הימי, השתלטו לוחמי זרוע הים על כלי השיט בטרם הגעתו לרצועת עזה". הפעולה בוצעה רק לאחר שבצה"ל הובהר כי אין בכוונת המשיטים לעצור את הספינה ולהגיע לאשדוד.

"משהבהירו המפליגים כי אין בכוונתם לשתף פעולה ולהיעתר להזמנה להגיע לנמל אשדוד, הוחלט להשתלט על כלי השיט ולהשיטו לנמל אשדוד" נמסר מצה"ל. "אנו נמצאים בדרכנו לעזה ואנו מצויים לא יותר מ-125 מייל ימיים מעזה  (200קילומטר)", כך נמסר מהספינה בטרם נותק איתה הקשר. מוקדם יותר, דיווחו מארגני המשט כי שלושה כלי שיט בלתי מזוהים התקרבו לספינה. למשיטי הספינה לא היה ברור באם אלו סירות של חיל הים או אחרות. אלא שלקראת חצות התקרבו הסירות ל"מאריאן" והזדהו כספינות של חיל הים הישראלי. על פי דובר צה"ל ההשתלטות הייתה קצרה וללא כל נפגעים.

בצה"ל ידעו כי על הספינה מצויות דמויות ציבוריות כמו נשיא תוניסיה לשעבר. אולם בישראל הבהירו כי כל משתתף במשט ידע כי מדובר בפעולה פרובוקטיבית ולמרות כך כי ישראל תשתדל לנהוג בכל הנוסעים בכבוד. בשלב הראשון הסירות התקרבו למרחק של כמה מאות מטרים מה-"מאריאן" והזדהו בקשר ובקריאות. ה"מאריאן" הייתה הספינה היחידה עליה השתלטו הלוחמים מאחר ומארגני המשט החליטו וכך  הודיעו הלילה כי רק "מריאן" תמשיך לעבר רצועת עזה, ואילו הסירות "ג'וליאנו 2", "ויטוריו" ו"רייצ'ל" ישובו לנמלי המוצא שלהן. עוד נמסר כי משתתפי המשט כ-50 במספר, תודרכו כיצד לנהוג ולהתנגד פסיבית בעת השתלטות צה"ל על הספינה.  ה"מאריאן" מפליגה כעת לעבר נמל אשדוד בפרק זמן של כ- 12 עד 14 שעות והיא צפויה להגיע לאשדוד לקראת שעות הצהריים.

"אני מבקש לשבח את חיילי ומפקדי חיל הים על הביצוע הנחוש והיעיל במעצר נוסעי הספינה שניסתה להיכנס לחופי עזה בניגוד לחוק", כך מסר ראש הממשלה בנימין נתניהו, לדבריו "במשט הזה אין דבר מלבד מפגן של צביעות ושקרים שרק מסייע לארגון הטרור חמאס ומתעלם מכל הזוועות באזורנו. מניעת כניסה דרך הים נעשית בהתאם לחוק הבינלאומי ואף קיבלה גיבוי מוועדה של מזכ"ל האו"ם".
נתניהו מצדיק את פעולת חיל הים בכך ש"ישראל היא דמוקרטיה שמגינה על עצמה בהתאם לחוק הבינלאומי. איננו מוכנים לאפשר הכנסת אמצעי לחימה לארגוני הטרור בעזה כמו שנעשה בעבר באמצעות הים. רק לפני שנה סיכלנו ניסיון להבריח מהים מאות אמצעי לחימה שהיו מיועדים לפגוע באזרחי ישראל. אין סגר על רצועת עזה. ישראל מסייעת להעברת סחורות וציוד הומניטארי לעזה – כ800 משאיות מידי יום, שהכניסו בשנה האחרונה יותר מ-1.6 מיליון טון סחורות. בנוסף ישראל מסייעת למאות פרויקטים הומניטאריים באמצעות ארגונים בינלאומיים לרבות הקמת מרפאות ובתי-חולים". "ישראל היא מדינת שוחרת שלום שפועלת על פי החוק הבינלאומי כדי לאפשר לתושביה חיים בטוחים ולילדיה לגדול בשקט ובשלווה".
מארגני המשט הכינו מבעוד מועד סרטון בו קראו לעזרה וציינו כי במידה ואנו צופים בסרטון, משמעותו כי הם נעצרו בידיי חיל הים.