בתקופת שהותו של צה"ל ברצועת הביטחון בגבול לבנון הייתה השייטת פעילה במיוחד במבצעי עומק בשטח לבנון. ב-5 בספטמבר 1997, פשטה שייטת 13 על הכפר אנצריה שבדרום לבנון, לוחמי הקומנדו הימי נעו עמוסים במטעני חומר נפץ אותם תכננו להטמין מתחת לרכב מנהיג חיזבאללה ולפגוע באחרים. בשעה שהכוח נע לעבר היעד, התפוצצו מטענים ו-11 לוחמים נהרגו כולל רופא שצורף למבצע.

אסון השייטת – השאלות שנותרו ללא פתרון – סרטו של גדי סוקניק בערוץ 10

בעקבות האירוע הושבתה לזמן מה פעילות היחידה. כשנה לאחר האסון ביצעו ארגון החיזבאללה ומדינת ישראל עסקת חילופין, במהלכה הוחזרה גופת אחד הלוחמים שנהרגו באסון, איתמר איליה, בתמורה לעשרות עצורים והרוגים לבנונים (בהם גופתו של האדי נסראללה, בנו של מפקד החיזבאללה, השייח' חסן נסראללה).
חסאן נסראללה מנהיג החיזבאללה התפאר כי בארגונו ידעו על המבצע המתוכנן, כיוון שיירטו שידור תמונות של השטח ממזל"ט צה"לי. באוגוסט 2010 הציג נסראללה את תמונות המזל"ט הצה"לי וחיזק את הגרסה כי המחבלים שהו בשטח במארב מתוכנן. מומחי צבא וועדות חקירה קבעו כי אין שום אימות לדבריו והדבר איננו אפשרי.
שתי גרסאות עומדות זו מול זו: מטענים לא תקינים אותם נשאו חיילי השייטת שהתפוצצו, או עליית הכוח על מטען שהתפוצץ וגרם למטעני הכוח  שנשאו החילים על גופם, להתפוצץ. תשובה – איין.