סאמי ופאטמה עלי כוסבה, הוריו של הנער מוחמד עלי כוסבה, עתרו היום (ראשון) לבג"ץ יחד עם האגודה לזכויות האזרח, בדרישה שבית המשפט יורה ליועץ המשפטי לממשלה להגיש כתב אישום נגד אל"מ ישראל שומר בגין הריגתו והפקרתו של בנם. כמו כן, העותרים דורשים למנוע את מינוי של אל"מ שומר לתפקיד מפקד חטיבת הנח"ל.

ביולי 2015, בעת ששומר שימש כמפקד חטיבת בנימין, יידה עלי כוסבה בן ה-17 אבן גדולה על שמשת הג'יפ של שומר, כשהאחרון נסע בסמוך למחסום קלנדיה. מיד לאחר היידוי, נמלט כוסבה מהמקום.
שומר יצא מהג'יפ, רדף אחרי עלי כוסבה וירה לעברו שלוש יריות. לאחר מכן התקרב לנער, ששכב מדמם על הקרקע, בחן אותו, חזר לג'יפ ונסע מהמקום יחד עם חייליו, מבלי שהגישו סיוע לנער הפצוע ומבלי שהזעיקו סיוע רפואי. מאוחר יותר נקבע מותו של עלי כוסבה.

במהלך חקירתו במצ"ח מסר שומר שתי גרסאות שונות וסותרות לאירוע. בהתחלה סיפר כי טמנו לג'יפ בו נסע מארב, וכי עלי כוסבה היווה סכנה גם אחרי שנמלט, משום שהחזיק "משהו" בידו. לדברי שומר, הוא ביצע נוהל מעצר חשוד ופעל בהתאם להוראות הפתיחה באש שמתירות ירי על מנת לפגוע "בנסיבות סכנה מיוחדות, כאשר נשקפת סכנת חיים ממשית ומיידית". עוד סיפר שעלי כוסבה עמד עם הפנים אליו, ושהוא ירה לכיוון הברכיים של הנער. כנשאל מדוע הפגיעה היתה בפלג הגוף העליון של עלי כוסבה, השיב המח"ט שכנראה הנער התכופף ואז נפגע.
גובר צה"ל הגיב ביום האירוע החמור כי " כלי הרכב של אל"מ שומר הותקף על ידי פלסטינים שהשליכו עליו סלעים. אל"מ שומר חש בסכנת חיים ממשית, יצא מרכבו וביצע נוהל מעצר חשוד".

גרסה זאת נסתרה על ידי עדויות חיילים אחרים ועל ידי סרטון שתיעד את האירוע. בסרטון נראה הנער נמלט, שומר ונהגו פורקים מהרכב, שומר רץ אחריו, נעצר, נכנס ליציבת ירי בעמידה, יורה, ולאחר זמן קצר חוסר לג'יפ, ונוסע משם.

עלי-כוסבה נפגע משלוש יריות בפלג גופו העליון: קליע אחד פגע בפניו מהצד ושניים פגעו בו מאחור. מיקום הפציעות תואם את התמונה העולה מהעדויות ומתיעוד הווידאו – שהוא נורה בגבו, בעת שנמלט מפני החיילים.

בסרטון הווידאו שנקלט במצלמת האבטחה של תחנת ה דלק הסמוכה לאירוע, נראה בבירור כי רכב המח"ט מגיע  וב 0.19 הנער מיידה את האבן ונמלט. שלוש שניות לאחר מכן, שומר פורק מהג'יפ יחד עם חייליו דולק אחר הנער,  עוצר, נכנס למצב ירי בעמידה (יציבה בברכיים כפופות, כיוון וירי)  ויורה בו. כמה שניות לאחר מכן חוזר לרכבו ונוסע מהמקום.

וכך, לאחר שצפה בסרטון שסתר את דברי המח"ט לחלוטין, שינה שומר את גרסתו ואמר כי ירה בעלי כוסבה כשזה היה עם הגב אליו והפגיעה בפלג הגוף העליון נגרמה מכך שאת הירי ביצע שלא בין כוונות אלא תוך כדי ריצה.  שומר הגדיר את מעשיו כ"שגיאה מקצועית" ולא ראה בהם רשלנות.
עמדה זו אומצה על ידי הפצ"ר. שנה אחרי תקרית הירי, התיק נגד המח"ט נסגר על ידי הפרקליט הצבאי הראשי.
אולם, לאחר הגשת הערר נגד סגירת תיק החקירה על ידי האגודה לזכויות האזרח, החליט הרמטכ"ל לעכב את קידומו של שומר, והורה כי יהיה עליו למלא תפקיד אל"מ נוסף לפני שיישקל קידומו העתידי לתא"ל.

בעתירה, שהוגשה באמצעות עורכת הדין רוני פלי מהאגודה, נכתב כי אל"מ שומר אינו חייל בלתי מנוסה הנתקל לראשונה בסיטואציה מבצעית, וכי מקרה זה בוודאי לא היה אחד האירועים הסבוכים או הקשים שבהם נתקל שומר בקריירה הצבאית הארוכה שלו. "אין כל סיבה להניח שדווקא הנער המנוח, בעת שניסה כמיטב יכולתו להימלט – הותיר את המשיב אובד עצות וחסר אונים עד כדי כך, שפעל ללא יכולת להפעיל שיקול דעת סביר", נטען בעתירה.

עוד נטען, כי "בהתחשב בדרגתו הגבוהה ובתפקידו הרם של אל"מ שומר, ניסיונו והעובדה שעליו לשמש דוגמא לחייליו, סגירת תיק של מקרה בו נעברה באופן כה מובהק עבירה, שהביאה למותו של נער, משדרת מסר חמור של זלזול בחיי אדם".

בנוגע להחלטה למנות את שומר למפקד חטיבת הנח"ל, בעתירה נכתב כי פיקוד על חטיבת הנח"ל הוא אחד התפקידים היוקרתיים שממלאים אלופי משנה, ולכן קידום זה אינו סביר לאור החשדות הכבדים התלויים מעל ראשו של שומר.
מדובר צה"ל לא התבלה תגובה עד להלאת ידיעה זו לאתר. אם וכאשר תגיע תגובה שכזו, נפרסמה ככתבה ולשונה.