התנועה לאיכות השלטון פנתה הבוקר (שני) ליו"ר ועדת החוץ והביטחון, ח"כ רם בן ברק, בבקשה לכינוס דחוף של הועדה ולדון בהקמת ועדת חקירה ממלכתית בנושא פרשת הצוללות וכלי השיט – תיק 3000 בו הואשמו בכירים בשוחד ומרמה על פי החלטת היועץ המשפטי, בעוד ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו, הוחרג ולא הואשם בדבר. בפנייתה כותבת התנועה כי נדרשת הקמת ועדת חקירה ממלכתית ולו כדי " לפזר את עננת החשדות הסמיכה והמטרידה".
התנועה לאיכות השלטון העלתה בפני בן ברק  את הפערים בין המלצות המשטרה לכתבי האישום מול החלטות היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, כמו גם את ניגודי העניינים של ראש הממשלה לשעבר בפרשה. הכנסת אחראית לברר במסגרת הפיקוח שלה על הממשלה, קובעים בתנועה לאיכות השלטון. פניית איכות השלטון ליו"ר הועדה באה בשם 52 ראשי מערכת הביטחון לשעבר שחתמו בזמנו על תצהירי פרשת הצוללות. ״המחדלים שנחשפו בפרשה, מחייבים את הכנסת למצות את האמצעים העומדים לרשותה על מנת לברר עד תום ולהסיק את המסקנות הנדרשות מהפרשה החמורה ובכך למלא את חובתה לפקח על הממשלה בתחומי הביטחון, החוץ והמודיעין״.

לפני כשבוע הודיע שר הביטחון, ח"כ בני גנץ כי יגיש הצעת החלטה לחברי הקואליציה להקמת ועדת חקירה ממלכתית לרכש הצוללות וכלי השיט. ההחלטה התקבלה לאחר עבודת מטה שקיים בחודשים האחרונים. בהודעת גנץ נאמר כי הוועדה תהיה בעלת יכולת בדיקה מעמיקה ובלתי תלויה, בניגוד לוועדה המשרדית שניסה שר הביטחון להקים קודם לכן לאור התנגדות ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו לוועדת חקירה ממלכתית.

גנץ מסר לתקשורת כי הוא "מצפה שהפעם כלל שרי הממשלה יתמכו בהקמת הוועדה. אסור להשאיר את סימני השאלה פתוחים, ויש להסיק מסקנות רוחביות. אין להסתפק בהליך הפלילי מול הפרשה הביטחונית החמורה בתולדות מדינת ישראל".

לפני חמישה ימים התקיימה שיחה אישית בין יו"ר כחול לבן ושר הביטחון בני גנץ לבין יו"ר תקווה חדשה ושר המשפטים גדעון סער, ולפי הפרסומים כי אמר באותה שיחה גנץ לסער שהוא מעוניין מאוד לקדם את הקמת ועדת החקירה לפרשת הצוללות, סער מצידו השיב לו שלא יעשה זאת בצורה תקשורתית והציע שיקדמו זאת בתיאום יחד עם היועץ המשפטי לממשלה. בסביבת שר הביטחון הגיבו לכך ואמרו כי  "הגיע הזמן שראשי הקואליציה יסירו את המסיכות ויגידו אם הם תומכים או מתנגדים להקמת ועדת חקירה ממלכתית לרכש הצוללות".
אתמול הפגינו פעילי התנועה לאיכות השלטון בשיירת מחאה שנסעה מלטרון עד משרד רה״מ, על מנת להפגין מחוץ לישיבת הממשלה השבועית וזאת בדרישה להקים ועדת חקירה ממלכתית לפרשת הצוללות בהקדם.
גם בתנועת המחאה ' חקירה עכשיו' אותה מוביל רועי פלג הגיבו בדף הפייסבוק של התנועה לדברי שר הביטחון ושאלו האם בני גנץ הולך להפוך את ועדת החקירה הממלכתית לבלוף הגדול בהיסטוריה הביטחונית?".  בתנועה טענות כי גנץ מתאם את נושא ועדת חקירה עם היועמ"ש כאשר אין שום סיבה או צורך חוקי לתאם ועדת חקירה ממלכתית". זאת ועוד: "מדובר באותו מנדלבליט אשר ניקה את נתניהו מכל חשד ואחריות וזאת לפני שבוצעה כל בדיקה, אותו מנדלבליט שלא החרים עד היום אף מחשב ואף מסמך הקשור למשרד עורכי הדין שמרון ומולכו (האחראים לכאורה על העברת המסמך המאשר מנתניהו ב2014) אותו מנדלבליט שסגר לנתניהו את תיק המניות לאחר שהוגשו ראיות לכך שנתניהו עדיין נהנה מריטיינר המכירה, אותו מנדלבליט אשר סירס את ועדת הבדיקה המשרדית שבעקבותיה התפטר שופט בית המשפט העליון סטרשנוב".
בחקירה עכשיו זוקפים גבה תמהה ומתפלאים: גנץ שולח להתייחסות של משרד המשפטים ומשרד האוצר?! בשום מקום לא כתוב שוועדה כזו חייבת תיאום כלשהו מהמשרדים הנ"ל".

פרשת הצוללות המכונה גם תיק 3000, היא חקירה פלילית שנוהלה על ידי יחידת להב 433 של משטרת ישראל מאז פברואר 2017 ובמסגרתה נחקר חשד להטיית מכרזים הקשורים לרכש צוללות מסדרת דולפין AIP וספינות סער 6 מחברת "טיסנקרופ" הגרמנית, בשנים 2009–2017. בסיום החקירה פרסמה המשטרה את עמדתה שהתגבשו ראיות כדי להעמיד לדין מספר נחקרים באשמת שוחד, מרמה, הלבנת הון ואישומים נוספים.
בינואר 2019 הודיעה הפרקליטות בשמו של אביחי מנדלבליט כי חקירת המשטרה בתיק 3000 הייתה שיטתית ומקיפה, והובילה למסקנה שלא התגבש חשד סביר נגד ראש הממשלה דאז בנימין נתניהו. ההודעה הגיעה בתגובה לעתירת התנועה לטוהר המידות שדרשה לקיים השלמות חקירה בפרשה, ולכלול את ראש הממשלה נתניהו כחשוד במסגרתה. הפרקליטות גם הכחישה כי הייתה הנחיה מקדמית "להימנע ממיצוי כיווני חקירה כאלה ואחרים כלפי בעלי תפקידים בכירים, ובכלל זה ראש הממשלה".