בהתקפה על הקיבוץ נהרגו מאה ואחד אזרחים, ונחטפו לשטח הרצועה שלושים חטופים וחטופות מקהילת בארי ושני חטופים נוספים, מתוכם אחד עשר עדין מוחזקים בעזה. לוחמי כוחות הביטחון שלחמו ביישוב, פעלו בגבורה רבה תוך חירוף נפש. במהלך הלחימה נפלו שלושים ואחד אנשי כוחות הביטחון, בהם עשרים ושלושה לוחמי צה"ל וחברי כיתת הכוננות ושמונה שוטרים. כמו כן, נפצעו לוחמים ואזרחים רבים.
מהממצאים עולה כי חדרו לשטח הקיבוץ כשלוש מאות וארבעים מחבלים, בהם כמאה מחבלי נח'בה של ארגון הטרור חמאס, אשר ביצעו מסע הרג, טבח, חטיפה, ביזה ופשעים אכזריים נוספים. לפי ההערכות המעודכנות של צוות התחקיר, בשטח הקיבוץ עצמו חוסלו כמאה מחבלים. לבתי הקיבוץ נגרם נזק כבד והליך שיקומו צפוי להימשך זמן ארוך.
להלן עיקרי מסקנות תחקיר בארי: א. פער בתרחיש הייחוס ומוכנות – צה"ל לא נערך למתאר חדירה נרחב כפי שקרה בשבעה באוקטובר, הכולל ריבוי מרחבי חדירה על ידי אלפי מחבלים, התוקפים בעשרות מוקדים במקביל. תרחיש הייחוס עסק בחדירות בודדות ונקודתיות. לתרחיש זה התאמנו הכוחות ולאורו נקבעה פריסת הכוחות. לאור כך, לא היו במרחב כוחות עתודה נוספים שיכלו להישלח לבארי. כל כוחות התגבור הצה"ליים נשלחו לגזרה והפעלתם תיבחן בתחקיר הכללי. נושא ההיערכות ותרחיש הייחוס עודנו נבחן בימים אלו במסגרת תחקיר נרחב אודות תפיסת ההגנה והמודיעין.
ב. גיבוש תמונת המצב – צה"ל התקשה לייצר תמונת מצב ברורה ובהירה של המתרחש בקיבוץ עד שעות אחר הצהריים של השבעה באוקטובר, על אף שלצוות החירום היישובי (צח"י) הייתה תמונת מצב מעודכנת על הנעשה בקיבוץ בשעות הבוקר. מהתחקיר עולה כי גורמי הביטחון לא סיפקו התרעה מספקת לתושבי בארי אודות חדירת מחבלים לאורך השעות הראשונות של מתקפת הטרור.
ג. תחילת הלחימה בקיבוץ – עד השעה 13:30 הלחימה בתוך הקיבוץ התנהלה על בסיס כיתות הכוננות והתושבים. במשך שבע שעות הלחימה הראשונות תושבי הקיבוץ הגנו על עצמם, פעילותם ותושייתם היא זו שבלמה את האויב מלהרחיב את התקפתו לשכונות נוספות. התושבים המשיכו להילחם גם לאחר הגעת כוחות צה"ל, הכווינו אותם ונלחמו לצידם.
ד. פיקוד ושליטה – בשל ריבוי מוקדים וקושי בגיבוש תמונת המצב, הלחימה במרחב בשעות הראשונות התאפיינה בהיעדר פיקוד ושליטה וחוסר תיאום וסדר בין הכוחות והיחידות השונות. הדבר גרם למספר אירועים בהם כוחות ביטחון הצטברו בכניסה לקיבוץ ולא נכנסו ללחימה מיידית. לכך נמצאו מספר סיבות ובהן: כוחות אשר לא נכנסו ללחימה בהחלטת מפקד והמתינו למשימת פינוי תושבים מבארי, כוחות שנלחמו ובהנחיית מפקד יצאו מהקיבוץ, כוחות שנכנסו לאחר פרק זמן של כשעה בשל המתנה למפקד הכוח וכוחות וחפ"קים שהיו מחוץ ליישוב ככוחות מעטפת. חוסר סדר זה אפיין מוקדי לחימה רבים במהלך השבעה באוקטובר, והוא מתוחקר בימים אלו במסגרת התחקיר הכללי. בשל ריבוי המוקדים וצורך בפתרונות דחופים מונה מפקד בכיר לכל מוקד לחימה מרכזי על מנת שיפעיל את הכוחות שיגיעו לגזרה בצורה מיטבית ומתואמת, בכדי שלא להתבסס על כוחות אורגניים, פעולה שהייתה נמשכת זמן רב. החלטת המטה הכללי ופיקוד הדרום להטיל על תא"ל ברק חירם את הפיקוד על הגזרה ולאחר מכן על בארי הייתה רבת משמעות בהגברת האפקטיביות המבצעית מול האויב, מענה לתושבים, ויצרה בהירות בתמונת המצב ופיקוד נכון של הכוחות הלוחמים. ניתן לציין כי זה רגע "היפוך הקערה" שהביא להשגת שליטה מחודשת ביישוב. לצד שגיאות מבצעיות וטעויות בהפעלת הכוח, צוות התחקור ציין כי הלחימה בבארי כללה שורה של מעשי גבורה ואומץ עילאי מצד הכוחות הלוחמים, המפקדים וכוחות הביטחון שלחמו בקיבוץ, והביאו להצלת תושבים רבים.
ה. התנהלות הכוחות מול אזרחים – היו מקרים בהם כוחות צה"ל נהגו באופן לא ראוי בהתנהלות מול אזרחים, כאשר הדבר התבטא באופן האבטחה של התושבים שפונו ובמתן מענה לצרכים בסיסיים על ידי כוחות הביטחון.
ו. אירוע בני הערובה בביתה של פסי כהן ז"ל – הצוות מצא כי באירוע פעלו הכוחות בציר פיקוד ושליטה סדור, אשר כלל פיקוד מחפ"ק ייעודי של ימ"מ, שב"כ וצה"ל, ותוך קבלת ליווי מודיעיני ואווירי בזמן אמת. מהתחקיר עולה כי אל מול הנסיבות המורכבות והקשות ששררו, המפקדים והכוחות שפעלו באירוע קיבלו החלטות מקצועיות ואחראיות, כאשר הם ממצים עד תום את מאמצי המשא ומתן. ירי הטנק לעבר סביבת הבית בוצע באופן מקצועי, בהחלטה משותפת של המפקדים מכלל הארגונים, לאחר חשיבה והערכת מצב ועל מנת להפעיל לחץ על המחבלים ולהציל את בני הערובה. לאחר שנשמעו קולות ירי משטח הבית ושהמחבלים הודיעו על כוונתם להתאבד ולהרוג את בני הערובה, הכוחות קיבלו החלטה לפרוץ אליו על מנת לנסות ולהציל את בני הערובה, וביצעו פעולת לחימה בתנאים קשים.
הצוות ציין כי בני הערובה שהוחזקו במבנה גילו תושייה רבה, ועשו מאמצים רבים בכדי ליצור קשר עם כוחות הביטחון ולהכווין אותם. צוות התחקיר הציג בפני המשפחות השכולות את הערכתו לגבי נסיבות המוות של כל אזרח שהוחזק במבנה. הצוות קבע כי מהמידע שנבחן עד כה ולמיטב הבנת חברי הצוות, בתוך המבנה לא נפגעו אזרחים מירי פגזי הטנק. זאת למעט מקרה נקודתי מחוץ למבנה בו נפגעו שני אזרחים מרסיסים. הצוות ציין כי מסתמן שמרבית בני הערובה נרצחו על ידי המחבלים וכי נדרש להמשיך ולבצע בדיקות נוספות ולבחון ממצאים נוספים ככל שניתן. באשר לתפקוד המפקדים הבכירים שהיו בנקודה, צוות התחקור מצא כי אלו פעלו בתיאום ובמקצועיות אל מול מציאות קשה ומורכבת.
הרמטכ"ל קיבל את כל המסקנות והלקחים העולים מהתחקיר וקבע כי עליהם להיות מוטמעים בתוכניות ההגנה והלחימה. הרמטכ"ל הביע את הערכתו לצוות התחקור על תחקיר רציני, חד ומקצועי אשר מייצר תמונה בהירה, על אף האתגרים והמורכבויות.
הרמטכ"ל עמד על המסקנות והלקחים הבאים: צה"ל לא עמד במשימת ההגנה על התושבים במובן הקשה ביותר וכשל במשימתו. לחימת תושבי בארי ובראשם חברי כיתות הכוננות בוצעה בנחישות ובאומץ. את גבורתם, בהגנתם בגופם על הקיבוץ ותושביו, יש להעלות על נס. לחימה זו היא שבלמה את כיבושו הכולל של הקיבוץ והצילה חיים רבים. לצידם הרמטכ"ל ציין לשבח את פעולת חברי צוות החירום היישובי (צח"י) בגיבוש תמונת מצב מתעדכנת ושמירת קשר עם התושבים תחת אש. פעולת הכוחות – כוחות ביטחון רבים לחמו בקיבוץ בארי באומץ וביצעו מעשי גבורה. לצד זאת, בוצעו שגיאות וטעויות חמורות ומוטלת עלינו החובה ללמוד, לחזק ולתקן עבור העתיד.
הרמטכ"ל סיכם כי תחקיר הקרב בבארי הינו התחקיר הראשון כחלק מתהליך התחקור הפנימי הרחב שנערך בימים אלו בצה"ל, ובוחן את אירועי השבעה באוקטובר ומה שהוביל אליהם. אמנם מדובר בתחקיר ראשון ויחיד שלא משקף את התמונה המלאה על שאירע באותו היום, אך הוא ממחיש בצורה ברורה את גודל הכישלון ומימדי האסון שפקד את תושבי הדרום שהגנו בגופם על משפחותיהם שעות ארוכות, וצה"ל לא היה שם להגן עליהם. בסופו של הליכי התחקור שיאפשר גיבוש תמונה מלאה של האירועים, יתקבלו החלטות וייגזרו משמעויות מלבד המסקנות המבצעיות שיוטמעו בטווח הזמנים המיידי. עלינו מוטלות האחריות והחובה לבצע הליך תחקור נוקב ומעמיק זאת על מנת ללמוד, לחזק ולשפר את ההגנה לה ראויים אזרחי ישראל. זו למידת עומק לשם שינויי עומק שיחזקו את צה"ל, במשימתו להגן על אזרחי מדינת ישראל.
זוהי חובתנו כלפי הציבור הישראלי בכלל ותושבי הדרום בפרט.