סא"ל שלום אייזנר לא יוכל למלא תפקיד פיקודי במהלך השנתיים הקרובות, אך לא יודח מצה"ל. כך החליט ראש המטה הכללי בצה"ל, רב אלוף בני גנץ, לאחר שעיין בממצאי החקירה שהוצגו בפניו, לגבי התנהלות החיילים ומפקדם בשטח, במהלכם הכה הסמח"ט מפגין, בקת רובהו. לפני קבלת ההחלטה התייעץ הרמטכ"ל עם מפקד כוחות היבשה, אלוף סמי תורג'מן ועם אלוף פיקוד מרכז, ניצן אלון. חקירת מצ"ח המתקיימת בשל היות המעשה בלתי חוקי בעליל, עלולה להביא לכך שאייזנר ייאלץ לפשוט את מדיו, לצמיתות.

הרמטכ"ל אמר בהחלטתו כי הסמח"ט לקה בכשל ערכי ולאחר בחינה מעמיקה של כל ההיבטים המבצעיים, המקצועיים והערכיים החליט על הדחתו. בהחלטתו ציין בתפקודו של סגן מפקד חטיבת הבקעה באירוע, היו כשלים מקצועיים ופיקודיים. סא" שלום אייזנר לא יוכל להיות סגן מפקד בה"ד 1, בו מוכשרים מפקדי העתיד, תפקיד אליו אמור היה להיכנס בקיץ הקרוב.  כאמור לא יוכל אייזנר לקבל תפקיד פיקודי בשנתיים הקרובות.

גורם צבאי בכיר ציין כי לרמטכ"ל לא הייתה ברירה אחרת. "מאז האינתיפאדה הראשונה, קבע בג"ץ שמדובר במעשה בלתי חוקי בעליל, שמתנוסס עליה דגל שחור. המקרה ההוא היה חמור בהרבה. הרבה יותר. מדובר בחיילים שהכו באלות מפגינים פלסטינים שהתפרעו מאוד.  החיילים ההם נשפטו ונידונו לעונשי מאסר בכלא. מפקדם, אל"מ יהודה מאיר, הלך הבייתה, לאחר שנשללו ממנו דרגותי. הוא סיים את הקריירה הצבאית כטוראי".

בג"ץ קבע בזמנו שמפקד או חייל, שמכה מפגין – יהא פורע חוק ומשתולל – זהו מעשה בלתי חוקי בעליל והוא נושא עליו דגל שחור. וכיוון שנעברה עבירה כזו, מצ"ח מקיים חקירה משלו, שבסיומה עלול למצוא עצמו סא"ל אייזנר מול כתב אישום שבסופו ייאלץ לפשוט את מדיו.

בראיון קצר לכלי התקשורת השונים אמר סא"ל שכל המצב והחלטת הרמטכ"ל "כואב. ברור שכואב." הוא דיבר על תחושה קשה שמלווה אותו ועל הזמן שהוא לוקח לעצמו לחשוב על הדברים.

חבריו של סא"ל אייזנר ממשיכים לטעון שהקצין נשפט בתקשורת ולכן לא היה לו שמץ של סיכוי. "הרמטכ"ל לא יכול היה להחליט אחרת בגלל התקשורת, לא בגלל משהו אחר" אמר אחד מהם.

קצין חינוך ראשי, תא"ל אלי שרמייסטר נדרש אתמול לנושא ושלח איגרת למפקדי צה"ל . "הלחימה בטרור מייצרת חיכוך רב עם האוכלוסייה הפלסטינית", הסביר תא"ל שרמייסטר, "המתח בין הרצון לשמור על מרקם החיים של האוכלוסייה לבין משימת ההגנה והצורך לעצור פיגועים, מציב אתגר ערכי מהותי. מידת הסיכון, שבה פועלים החיילים משתנה. בחלק מן המצבים נדרשת הכרעה בין ערכים, שבבסיסה הרצון להימנע מפגיעה בחפים מפשע לצד הרצון להפחית את הסיכון לחייהם ושלומם של החיילים".

הוא הדגיש כי "הכרעה זו נתונה בידי המפקדים בשטח. ברור כי בעימות בין חיילים חמושים לבין אזרחים שאינם חמושים, על אף שהם מייצרים פרובוקציה, יש להטיל מגבלות חמורות על מידת הפעלת הכוח, ולמנוע ככל הניתן פגיעה בכבודם ובגופם של האזרחים".

קח"ר הבהיר כי "על צה"ל להמשיך ולהדגיש את ערך יסוד כבוד האדם, זאת בשל החשש לשימוש לרעה בכוח ובסמכות על ידי החיילים והמפקדים. "מתחייבת השמירה על 'טוהר הנשק', קל וחומר במצב בו לא מתרחשת לחימה ולא נשקף סיכון חיים ממשי לחיילי צה"ל", קבע תא"ל שרמייסטר.

"מפקדי צה"ל נדרשים להוות דוגמה ומופת בשגרה ובחירום, כלפי פנים וגם כלפי הציבור. יותר מאשר בעבר אין כיום סלחנות לכשלים ערכיים של מפקדים, וכך ראוי שיהיה. אל לנו לתעל את הדיון באירוע לנזק התדמיתי שהוא מייצר לצה"ל ולמדינת ישראל. עלינו להתמודד באומץ עם פרטיו ולנסות ולהבין מהן הנסיבות שהביאו קצין בכיר לנהוג כפי שנהג", הוסיף תא"ל שרמייסטר.  "ברור שמציאות הבט"ש השוחקת מעמידה אתגרים אחרים מאלה שניצבים בפנינו בלחימה מול אויב, וברבים מהמקרים אף קשים יותר. דווקא במציאות זו עלינו לחזק ולחדד את המצפן הערכי ואת נוכחותו כמנחה לפעולה גם בסיטואציות ערכיות מורכבות".