דוח מחלקת המדינה של ארצות הברית (U.S Department of State) לסיכום שנת 2011 מותח ביקורת על יחסה של ישראל למבקשי מקלט. הדוח מציין שאף שהמדינה מעניקה הגנה זמנית מפני גירוש לרוב מבקשי המקלט, ישנה ביקורת רבה על הנגישות למערכת המקלט ועל אפליה.

מערכת המקלט אינה מטפלת בבקשות של מבקשי מקלט מאריתריאה ומסודאן, שהם כ-85 אחוז מכלל מבקשי המקלט בישראל. הם זוכים, תחת זאת, למסמכים של "שחרור בתנאים" המונע את גירושם ויש לחדשו כל מספר חודשים.

בנוגע לבקשות המקלט של מי שאינם מסודאן או מאריתריאה, אלא ממדינות אחרות: לפי נציבות האו"ם לפליטים הוגשו 4,603 בקשות מקלט חדשות בשנה האחרונה: מתוכן נדחו 3,692  ואחת אושרה. 6,412 בקשות ישנות נותרו ללא הכרעה.

נציבות האו"ם לפליטים וארגוני סיוע ביקרו את התקנות החדשות, שמאפשרות לשר הפנים לדחות על הסף בקשות למקלט (כלומר, הכרה כפליט) ולמנוע מקלט ממבקשי מקלט המגיעים ממדינות אויב.

מבקשי מקלט שמוחזקים במתקני כליאה אינם משוחררים בדרך כלל לפני תום הליך שיפוטי לקביעת מעמדם. נוסף על כך, אם מבקש המקלט הגיע ממדינה שלה אין שגרירות בישראל או יחסים דיפלומטיים, הוא עלול להישאר במעצר אף כמה חודשים.

עובדי מדינה נוהגים לכנות את מבקשי המקלט "מסתננים". לפי דיווח ארגוני סיוע, עובדי המדינה נוהגים לעתים לתאר את מבקשי המקלט כאוכלוסייה שמאופיינת בפשיעה, מחלות וטרור. הדו"ח מצטט את אמירתו של שר הפנים אלי ישי, כי יגן על הרוב היהודי וידאג שכל הסודאנים והאריתריאים יגורשו לארצותיהם.

הדוח מציין, כי מאז אוגוסט לא התקבלו עוד דיווחים אמינים על "החזרה חמה", כלומר הנוהל נפסק בהתאם להחלטת ההמשלה מחודש מארס. בכך ישראל שומרת על העיקרון הבסיסי של הענקת מקלט והוא עיקרון "אי-ההחזרה" למקום שבו נשקפת סכנה לחייו של אדם.

למי שהוכר כפליט נותן אישור העבודה נגישות לזכויות סוציאליות כגון ביטוח רפואי, אולם כאמור, מדובר בבודדים. לכל שאר מבקשי המקלט (רוב רובם) נכתב באשרות השהייה שלהם, כי אינן מהוות אישור עבודה. בפועל, הממשלה מאפשרת באופן לא-רשמי למבקשי מקלט לעבוד. ב-4 בדצמבר הצהיר ראש הממשלה, כי הממשלה תתחיל לאכוף את האיסור על העסקת מבקשי מקלט.

ארגוני הסיוע מותחים ביקורת על התהליך לאיתור והכרה בקורבנות עינויים ועל היעדר טיפול רפואי בעת הגעתם של אנשים שעברו התעללות, אונס ועינויים במצרים. ארגוני סיוע ונציבות האו"ם לפליטים דורשים ומנסים לקדם מתן סיוע רפואי ושירותי רווחה למבקשי המקלט, בפרט לקורבנות העינויים.

כמו כן, פנו שניים מארגוני הסיוע לבית המשפט בתלונה על ההפרדה הנהוגה באילת בין ילדים של פליטים לילדים הישראלים. ילדי הפליטים אינם משולבים במערכת החינוך העירונית ומופנים לבית ספר מאולתר, מחוץ לתחום המוניציפלי של העיר. המקרה עדיין נדון בבית המשפט.