קציני צה"ל לשעבר, ובהם הרמטכ"ל לשעבר גבי אשכנזי, יועמדו היום לדין – בהיעדרם כמובן – במשפט ראווה מתוקשר בטורקיה. אשכנזי ומפקד חיל הים דאז, אליעזר (צ'ייני) מרום, עמוס ידלין ראש אמ"ן באותה עת ואבישי לוי, ששימש בעת משט המרמרה כראש להק אוויר, מואשמים באחריות למותם של תשעה מפעילי המרמרה ולפציעתם של 50 איש נוספים. התביעה תבקש 18,000 שנות מאסר לכולם. במשפט לא ישתתף שום נציג מישראל. 

כתב  האישום כולל 144 עמודים והארבעה מואשמים באחריות ישירה למות הפעילים, בהסתה לחבלה באמצעות כוחות חמושים והסתה לרצח באמצעות עינוי או אכזריות. בכתב האישום דוחים על הסף את הטענות להגנה עצמית, כפי שהופיעו בדו"ח טירקל, וטוענים כי החיילים הפעילו כוח לא מידתי הכולל שימוש בנשק כבד ומכונות ירייה. לטענת התביעה, הכוח הופעל מול פעילים החמושים במוטות דגלים מפלסטיק, כפות ומזלגות.

משרד החוץ הטורקי מסר בתחילת השבוע, כי מדובר בהליך שיפוטי בו הצדק יעשה ויראה. יחסי ישראל טורקיה, שהגיעו לשפל חסר תקדים לאחר תקרית המרמרה, הורעו עוד בסוף חודש דצמבר 2008 כשראש ממשלת טורקיה טאיפ ארדואן, שעמד לפגוש בנשיא המדינה שמעון פרס בוועידה הכלכלית העולמית, אמר שהנשיא יודע איך להרוג, בהתייחסו למערכה הצבאית בעזה בתחילת 2008.

טורקיה תבעה בישראל להתנצל רשמית על תקרית המרמרה. בישראל הציעו להביע צער על מותם של האנשים. עקב כך הודיעה טורקיה על הקפאת היחסים עם ישראל ומאוחר יותר גם על הקפאת שיתוף הפעולה הצבאי.