ראש הממשלה, בנימין נתניהו, נפרד הבוקר בראשית ישיבת הממשלה, ממזכירו הצבאי היוצא, האלוף יוחנן לוקר, שהודיע על סיום תפקידו.

"ליוחנן היה חלק כל כך חשוב בתחומים שהם קריטיים לביטחון הלאומי שלנו, לביטחון בכלל וגם לנושא המסתננים – כי אם יש אדם שהייתי אומר סייע לי יותר מכל בהקמת המכשול הקרקעי, בהקמת הגדר, זה היה יוחנן", אמר נתניהו בפתח ישיבת הממשלה. "מעת לעת הייתי מטיל עליו הרבה תפקידים, כולל למשל, הוא סייע לי רבות בנושא של שחרור גלעד שליט וכמובן בתחומים רבים אחרים, שאת רובם אני לא יכול לפרט כאן.

"ביקשתי מיוחנן לבוא לתפקיד המזכיר הצבאי אחרי שהתרשמתי ממנו בביקוריי בחיל האוויר, שם הוא היה לוחם ומפקד מצטיין", אמר נתניהו ופנה ישירות ללוקר: "אני רוצה להודות לך על השירות שנתת למדינה בחיל האוויר ואחר כך על השירות שנתת למדינה כמזכיר צבאי יוצא מן הכלל. בציבור לא מכירים את היקף פעולתך, אבל אני יכול להגיד שהוא היה עשיר ורב. פה סביב השולחן כמה וכמה שרים, אולי כל השרים יודעים את כושר הביצוע שלך, את קור הרוח, את שיקול דעתך, את הניסיון הרב שהבאת, את המקצועיות וגם נועם הליכותיך, אבל יותר מכל דבר – את המחויבות העמוקה שלך למדינת ישראל ולביטחון ישראל, זה פשוט דבר שהוא יוצא מן הכלל. אני מקווה שהוא גם יציב נורמה לכלל, אבל הוא באמת דבר שהוא כל כך אמיתי, כל כך עמוק ונכון בעת הזאת ובכל זמן.

"אני רוצה לומר לך, יוחנן – בשמי ובשם שרי הממשלה – לומר לך תודה וגם לומר לך שאני בטוח שאתה תמשיך לתרום בדרכים שונות לעם ישראל ולמדינת ישראל בשנים הבאות. אדם כמוך עוד יתרום רבות. אני אגיד עוד כמה דברים בהמשך בטקס מיוחד שנקיים פה, גם אני בטוח שכל השרים והשרות מצטרפים אליי גם בדברי ההערכה העמוקים וגם בידיעה, בהערכה ובתקווה שתמשיך לתרום למדינת ישראל".

בין המועמדים ששמותיהם הועלו, כמחליפים אשריים לאלוף לוקר, הם תא"ל גיא צור, המשמש כיום ראש חטיבת תכנון באגף התכנון, ותא"ל אייל זמיר, המשמש כיום כראש חטיבת היבשה.

בין ראש הממשלה לבין האלוף לוקר שררו יחסי עבודה טובים והערכה הדדית. אבל על היחסים האלה הוטל צל כבד בעקבות פרשת נתן אשל. האלוף יוחנן לוקר היה אחד מן השלושה שידעו על החשדות נגד נתן אשל ודיווחו לישירות ליועץ המשפטי לממשלה, בלי לדווח לראש הממשלה. מאוחר יותר מתח ראש הממשלה ביקורת על אופן ההתנהלות של שלושת המעורבים ועל כך שלא דיווחו לו – דבר שגרר מיד את התפטרות יועץ התקשורת, ד"ר יועז הנדל, מתפקידו.