ראש הממשלה, בנימין נתניהו, הנחה את כוחות הביטחון להרוס את בתי המחבלים שביצעו את הפיגוע היום בבית הכנסת ולקדם את הריסת בתי המחבלים שביצעו הפיגועים האחרונים. ראש הממשלה הנחה גם להציב מחסומים ביציאה מהשכונות הערביות בירושלים ולהגביר משמעותית את האכיפה נגד מסיתים לפיגועים. זאת, במהלך התייעצות ביטחונית שכינס בלשכתו.

בתגובה ראשונית על הטבח בבית הכנסת בשכונת הר נוף בירושלים, אמר ראש הממשלה: "זאת התוצאה הישירה של ההסתה המובלת ע"י החמאס ואבו מאזן, הסתה שהקהילה הבינלאומית מתעלמת ממנה בחוסר אחריות. נגיב ביד קשה לרצח האכזרי של יהודים שבאו להתפלל ונקטלו בידי מרצחים שפלים".

זמן קצר לאחר הפיגוע התקשר מזכיר המדינה ג'ון קרי לראש הממשלה וגינה את הפיגוע. "זאת תוצאה ישירה של ההסתה של אבו-מאזן. זהו רצח מתועב במקום קדוש", אמר נתניהו לקרי.
קרי, בהתייחסות פומבית לאירוע, גינה זאת כ"מעשה של רוע טהור וברוטאלי" ואמר כי "אין מקום בהתנהגות האנושית למעשה כזה". קרי תבע מהרשות הפלסטינית לגנות את המעשה ולמנוע ביטויי הסתה.

נשיא המדינה, ראובן (רובי) ריבלין, הביע תנחומים למשפחות שאיבדו את יקיריהם בהתקפה על בית הכנסת. "אין לנו מלחמה בין דתות, בין יהודים לאסלאם", אמר הנשיא. "טוב עשה יו"ר הרשות, אבו מאזן שגינה את הפיגוע, אך זה לא מספיק, עליו לפעול נחרצות נגד ההסתה. מכל מקום אנחנו שומעים על הסתה פרועה נגד מדינת ישראל. אלו דברים שאסור שיקרו".

שגריר ארה"ב, דן שפירו, אמר כי הפיגוע הוא "טרור ברברי שפל חדש בהיסטוריה של הסכסוך". לדבריו, "רצח של מתפללים חפים בבית כנסת זה רוע טהור!! אין הצדקה לפעולה אלימה, לטרור שכזה. ארה"ב מגנה בחריפות את הפיגוע הזה ואנו קוראים למנהיגים בכל העולם לגנות את הפיגוע ואת פעולות ההסתה שיכולים להוביל ושהובילו לפיגוע הזה. העולם לא יכול להישאר שקט".

את הדברים אמר השגריר שפירו במסגרת "יום אמריקה", שנערך במכללה האקדמית הדסה בירושלים.

 שר החוץ, אביגדור ליברמן הגיב: "פיגוע שמתבצע בבית כנסת בזמן תפילה הוא מעשה המעיד יותר מכל על שפלותם של הרוצחים וכי האחריות מוטלת במלואה על יו״ר הרש״פ, אבו-מאזן.

"אבו-מאזן הופך במכוון את הסכסוך לסכסוך דתי בין יהודים למוסלמים וההסתה השיטתית שהוא מוביל נגד יהודים – שבין היתר הוא מגדיר כטמאים שאינם יכולים לעלות להר הבית, היא ההנחיה לביצוע לפיגועים נבזיים כאלה", אומר ליברמן.

"על הקהילה הבינלאומית להוקיע את דבריו האנטישמיים של אבו-מאזן שמובילים למעשי טבח נוראיים כמו זה שהתבצע הבוקר בבית הכנסת ולהבהיר לו כי מי שמתנהל בצורה הזו אינו יכול להיות אישיות מדינית לגיטימית".

שר הביטחון, משה (בוגי) יעלון הגיב, בתום התייעצות בטחונית שקיים: "מסע הרצח של יהודים המתפללים בבית כנסת הבוקר בירושלים, הוא תוצאה ישירה של ההסתה, השקרים והשנאה שמופצים מדי יום ברשות הפלסטינית, בהנהגת יושב הראש אבו מאזן, נגד מדינת ישראל. בין אם מדובר בהתארגנויות מקומיות ובין אם מדובר בתשתיות טרור מאורגנות, אנו עדים פעם אחר פעם לניסיונות של גורמי טרור פלסטיניים לפגוע בריבונותה של מדינת ישראל בירושלים ולהרוג כמה שיותר יהודים רק משום שהם יהודים.

"מדינת ישראל תכה את הטרור", אמר השר יעלון. "נילחם בו בנחישות, ולא נאפשר לאיש לשבש את חיינו ולפגוע בנו. מי שחושב שיוכל להמשיך לפגוע בנו – טועה. נוסיף ונפעל ביד קשה כדי להשיב את הביטחון עד שכך יהיה, ונרדוף אחר מבצעי הפיגועים ושולחיהם בכל מקום ובכל דרך, בגבולות ישראל ומחוץ להם אם נידרש לכך".

השר נפתלי בנט הגיב: "אבו מאזן, מגדולי הטרוריסטים שהצמיח העם הפלסטיני, נושא באחריות ישירה לדם יהודים שנשפך בטלית ותפילין. בזמן שאנחנו עסקנו בהזיות על תהליך מדיני, הכינו לנו הפלסטינים תשתית טרור והסתה השלובים זה בזה. גם קונספציית הבטונדות לא עוצרת את הטרור אלא מעודדת אותו. אבו מאזן הכריז מלחמה על ישראל ועלינו להתייחס לכך בהתאם״.

בנט, התראיין הבוקר לרשת BBC הבריטית, בעקבות הפיגוע בשכונת הר נוף בירושלים. בנט הציג תמונה של אחד המתפללים ההרוגים בזירת הפיגוע, מול מחאות המראיינת, שדרשה ממנו להסיר את התמונה. "אנחנו לא רוצים לראות את זה" אמרה לו.

"אדם זה הגיע הבוקר להתפלל בדיוק כמו הרבה מוסלמים והרבה יהודים שהלכו להתפלל הבוקר", אמר בנט. "המוסלמים חזרו הביתה בשלום, אבל ארבעה יהודים ככה לא יחזרו יותר הביתה. זה טבח של יהודים תמימים הלכו להתפלל. אבו מאזן קרא ליום זעם – הנה התוצאות של הזעם, זה תוצאה ישירה של אבו מאזן".

שר האוצר, יאיר לפיד הגיב באמרו כי אין מספיק מילים בכדי לגנות את הפיגוע.

"זה מחזיר אותנו למקומות הכי גרועים של העם היהודי – יהודים מתבוססים בדמם עטופים בטליתות שחיות אדם רצחו אותם רק כי הם יהודים", אמר השר לפיד. "אנחנו צריכים לנקוט באמצעים קשים יותר. את הבתים של המחבלים האלה צריך להרוס הלילה, והמחבלים שיוצאים לפיגועים כאלה צריכים לדעת שהם לא יחזרו מהם בחיים.

"ביום קשה כזה אנחנו צריכים כולנו יחד לחבק את המשפחות ולחזק את ידי הפצועים", אמר השר לפיד. "זה הזמן לאחד כוחות ולפעול בשיתוף פעולה מלא במאבק נגד הטרור".

שר הבינוי, אורי אריאל: "הגינויים הרפים מאירופה וארה"ב ומתן הגיבוי להסתה של אבו מאזן – מעודדים את הטרור. כאשר שרי החוץ באירופה ובארה״ב מגנים בשפה רפה רצח יהודים ומצד שני נותנים גיבוי להסתה הבלתי פוסקת של אבו מאזן, המחבלים מבינים ששחזור אירועי טבח תרפ״ט הוא לגיטימים. אני דורש מראש הממשלה לכנס את הקבינט מיידית ולפעול מיידית להחזרת הביטחון לתושבי ישראל. דיבורים לא מחזירים ביטחון״.

שר התחבורה, ישראל כץ: "הבוקר התבצע פוגרום ביהודים בבית כנסת בלב ירושלים. אני שולח את תנחומי למשפחות ההרוגים ואיחולי החלמה לפצועים. מדינת ישראל חייבת להגיב מיד ובמלוא העוצמה: להכריז על מצב חרום בי-ם , שיאפשר נקיטת יד קשה והטלת מגבלות תנועה על תושבי מזרח ירושלים, בהתאם למידע מודיעיני וצרכים מבצעיים. להפשיר מיד את כל תוכניות הבנייה הזמינות בירושלים רבתי, כדי לחזק את אחיזתנו בעיר ולהוכיח שהטרור לא משתלם. דם יהודי בארץ ישראל לא יהיה הפקר".

עמדה הפוכה לעמדתם של ראש הממשלה והשרים יעלון, ליברמן ובנט, הציג ראש השב"כ, יורם כהן, בדיון בוועדת החוץ והביטחון של הכנסת.

"אבו מאזן לא מעוניין בטרור ולא מוביל טרור – גם לא מתחת לשולחן. אף אחד מראשי הרשות הפלסטינית לא מעודד אינתיפאדה", אמר כהן. "עם זאת, חלקים מהציבור הפלסטיני מפרשים את ביקורתו נגד ישראל כמתן לגיטימציה לפעולות טרור".

לדברי כהן, אין היום הנהגה בציבור הפלסטיני שקוראת לאלימות, ואבו מאזן לדבריו מדגיש שאין ללכת בדרך האינתיפאדה.

ראש השב"כ  הזהיר מפני העמדת הר הבית במוקד הסכסוך הישראלי ופלסטיני – דבר שיהפוך את הסכסוך עם הפלסטינים למלחמת דת. כאשר ביקשו ממנו כמה מחברי הוועדה, לדרוש מפורשות מחברי הכנסת להימנע מעליות מתוקשרות להר הוא אמר כי אין זה מתפקידו להמליץ לדרג הפוליטי כיצד לנהוג.

יו"ר ועדת חוץ וביטחון, זאב אלקין, אמר בתום הדיון היום עם ראש השב"כ כי האירוע מחייב תגובה מאוד קשה ומחייב טיפול שורש. "שמענו היום סקירה של ראש השב"כ על המצב הביטחוני בשבועות האחרונים. אני לא יכול להגיד שאני יוצא רגוע מהדיון הזה, יש המון שאלות שלא היו עליהם תשובות", אמר אלקין. "לדעתי חייבים לנקוט בטיפול עומק. עד שלא נפעל במזרח ירושלים כמו בכל מקום ריבוני אחר בישראל, שיהיה בו חוק וסדר כמו בשאר שטחי המדינה, שיגבו שם מיסים כמו בכל מקום אחר, שיעצרו שם מתפרעים כמו בכל מקום אחר, וכל עוד התלמידים במזרח ירושלים ילמדו לפי תוכניות הלימוד של הרשות הפלסטינית הכוללת הסתה בספרי הלימוד במימון ישראלי, לא ימצא פתרון אמיתי.

"אין ספק שמדיניות ההכלה וההבלגה הביאה רק ליותר התלקחות, היא אף פעם לא מביאה לשיפור. תגבור כוחות הביטחון לא מביא פתרון אמיתי, זה רק אקמול".

יו״ר הכנסת יולי אדלשטיין: ״הטבח המזעזע הבוקר בבית כנסת בירושלים הוא לצערנו תמצית העמדה הפלסטינית: בעוד אנו עושים מאמץ וקוראים לרגיעה, ההסתה הברוטאלית של מנהיגי הרש"פ נמשכת ומחריפה. שולחיהם אינם בוחלים ברצח מתפללים בתוככי מקום התפילה ובעיצומה. הם שוברים שיאים של שפלות ואכזריות. לישראל לא צריך להיות כל שיג ושיח עם מי שדרכם היא לטבוח בחפים מפשע בתוככי מקומותינו הקדושים. אני שולח תנחומיי למשפחות ההרוגים והחלמה מהירה לפצועים״.

יו"ר ש"ס, ח"כ אריה דרעי, המתגורר בשכונה שבה התרחש הפיגוע: "אני קורא לראש הממשלה להתייחס לאירועים האחרונים כמצב מלחמתי לכל דבר ועניין ולצאת למבצע חסר פשרות של חיסול הטרור בירושלים. לא עוד התמגנות, לא עוד איפוק, הגיע הזמן לחסל את הטרור הרצחני הזה. ולהשיב את השקט והבטחון לתושבים".

גם ח"כ אלי ישי (ש"ס) המתגורר בשכונה, הגיב ממקום הפיגוע: "היה כאן מרחץ דמים. בירושלים נעשה היום טבח ביהודים עטופים בטליתות ותפילין – רק בגלל היותם יהודים. המראות הן מראות מלחמה שלא היו במחוזותינו זה שנים. בירושלים מתקיימת מלחמה ועל כוחות הביטחון לפעול  בהתאם. זו מלחמה בתוך ישראל על המשך קיומה".

ח"כ אורית סטרוק: "מי שבורח מג'בל מוכבר מקבל את הפיגועים בהר נוף. על הממשלה לקבל סוף סוף את ההחלטה שירושלים כולה שלנו ובאחריותנו, ולהטיל על כוחות הביטחון את המשימה לממש זאת באופן שאינו משתמע לשתי פנים".

יו"ר מפלגת העבודה וראש האופוזיציה, ח"כ יצחק הרצוג: "הטבח המזעזע  הבוקר בזמן תפילת יהודים חפים מפשע, עטופים בטליתותיהם, בבית הכנסת בהר נוף בירושלים הוא מעשה נפשע מסוג החמור ביותר. לבנו עם משפחות ההרוגים והפצועים. אנחנו מתפללים כולנו להחלמתם ומחבקים אותם בכאבם".

הרצוג הוסיף: "מדינת ישראל צריכה לבוא חשבון נוקב עם כל מי שמעורב במסע ההרג הזוועתי, ללכוד אותו ולהעניש אותו במלוא החומרה. בצד מלחמה נחושה ובלתי מתפשרת בטרור המאורגן הזה, חובה לקיים דיאלוג ושיתוף פעולה בטחוני עם כל גורם מתון בסביבה, וזאת כדי לבלום את הטרור, למנוע פיגועים נוספים ולהשיב את השקט לרחובות".

הרצוג קרא לציבור הישראלי לנהוג בקור רוח ובאחריות ואמר כי הוא מחזק את כוחות הביטחון, הפועלים למציאת משלחי המחבלים וכל מי ששיתף איתם פעולה.

יו"ר מרצ, ח"כ זהבה גלאון, כתבה בעמוד הפייסבוק שלה: "מרצ כואבת ומגנה את הרצח המתועב בבית הכנסת בירושלים. אין ולא יכולה להיות הצדקה לאלימות כלפי חפים מפשע.

"כעת, בהנהגה הישראלית והפלסטינית צריכים לעשות הכל כדי להרגיע את הרוחות ולמנוע הידרדרות והסלמה נוספת", אמרה גלאון. "אנחנו משתתפים בצערן של המשפחות שאיבדו הבוקר את יקיריהן ומייחלים להחלמה מהירה של הפצועים".

ח"כ שלי יחימוביץ' אומרת כי לצד הזעזוע והאבל על הטבח הנורא בבית הכנסת, ויד ברזל במאבק בטרור, שום כוח צבאי, משטרתי, שב"כ ושלל היחידות המיוחדות המעולות שלנו לא יפתרו את שורש מרחץ הדמים הזה: הסכסוך הישראלי פלסטיני שנזנח בידי ממשלת הימין הזאת כאילו היה אירוע שולי בחיי המדינה.

יחימוביץ' אומרת כי יש להיפטר מג'אבל מוכאבר, שממנה יצאו הרוצחים, וגם רוצחי הטבח במרכז הרב, פיגוע הטרקטור ופיגוע האוטובוס בצומת פת, ולא להתעקש על ריבונות ישראלית בכפר זה ובדומיו.  "הפיכת הכפר לשכונה ירושלמית לכאורה וציוד תושביו בתעודות זהות כחולות פוגעת בבטחון ישראל, בשלום תושבי ירושלים, ובמעמדה וחוסנה של בירתנו, ונדרשת חשיבה מחודשת, רציונלית, כדי להשיב את הבטחון לתושבי ירושלים בטווח הארוך. הפיגוע הנורא הזה הוא קריאת השכמה לממשלה עם אפס חזון ואפס תקווה." יחימוביץ' שיבחה את משטרת ישראל ואמרה כי רק בישראל שוטר במעבדה לזיהוי פלילי ושוטר תנועה מחסלים בפעולה נועזת ומדויקת שני טרוריסטים, ואמרה כי הם ראויים לכבוד ולהערכה.

ח״כ איתן כבל: "התקפת הטרור הרצחנית הבוקר בירושלים היא מעשה מתועב שאין עליו מחילה. לעולם לא נסכים לכך שיהודים יירצחו, ועל אחת כמה וכמה באמצע התפילה, בבית הכנסת, כשהם עטופים בטליתות ועליהם תפילין של שחרית.

"אם למישהו היה ספק – זוהי אינתיפאדה. זו חובתה של הממשלה להביא ביטחון לאזרחיה, ואני קורא לראש הממשלה לעשות מעשה בכל הכלים העומדים לרשותו כדי להשיב לתושבי ישראל את הביטחון שאבד להם".

ח"כ דב חנין: "ימים איומים בירושלים. כואב על עוד דם שנשפך, על מעשי הרצח המזעזעים, הנוראים, ועל עוד נרצחים חפים מפשע. אני משתתף באבלן הכבד של המשפחות, היתומים, האלמנות, האחים והאחיות. עד מתי יימשך מעגל האימה? עד שבאמת נחליט יחד לעצור אותו. עד שבאמת נפעל כדי להפוך את ירושלים ואת הארץ הזאת למקום שבאמת אפשר לחיות בו בכבוד, שני עמים זה בצד זה, לארץ של חיים ולא עוד ועוד מוות".