"מתן אפשרות לנשיא מכהן, או לכל מנהיג אחר, להמשיך בכהונתו תוך התעלמות מחשדות פליליים ממשיים שעלו נגדו, הוא-הוא שיפגע במדינה, בכבודה ובמעמדה – והוא גם שיפגע בכבודו ובמעמדו של איש הציבור", כך כותב הבוקר (שני) פרקליט המדינה, שי ניצן, במאמר שמתפרסם באתר 929, פרויקט  אנשי רוח וציבור שמתייחסים לפרק היומי בספר משלי מזווית הראייה האישית שלהם.  
דבריו נכתבים על רקע כוונת נאמני ראש הממשלה בנימין נתניהו, חברי הכנסת דודי אמסלם ודוד ביטן להעלות בממשלה את הצעת החוק לפיו תיאסר ותמנע חקירת ראש ממשלה מכהן עד תום כהונתו והעימות סביב  החוק המוצע בין חברי הקואליציה.

ניצן כתב את הדברים כחלק מפרויקט 929, המעודד לקרוא בכל יום פרק אחד בתנ"ך. ניצן מתייחס לפרק כ"ה בספר משלי, ובפרט לפסוק: "כבוד אלוקים הסתר דבר וכבוד מלכים חקור דבר". "כבוד מלכים חקור דבר" – מחצית זו של הפסוק ניתן לפרש בשתי דרכים. האחת – ראוי שהמלכים יחקרו חקירות" ואילו השנייה – "ראוי שמעשי המלכים עצמם ייחקרו", כותב ניצן.

פרקליט המדינה  לא התייחס ישירות לחקירות נתניהו והעדיף להשתמש במקרהו של נשיא המדינה משה קצב שהורשע במעשי אונס ומעשים מגוונים.
ניצן: "ישנה גישה הגורסת כי מפאת "כבודם" של מלכים ומנהיגים אחרים (שרים, ח"כים, רבנים, וכדומה), אל לנו לחקור יותר מדי אם עולה חשד נגדם, כדי שלא ייפגע אמון הציבור בהם. טענה זו עלתה למשל בפרשת הנשיא קצב, עת נטען מפי גורמים שונים, כי חקירתו של הנשיא בחשדות לביצוע עבירות מין, תבזה לא רק אותו אלא גם את המדינה שאותה הוא מייצג. בבחינת: "אל תגידו בגת, אל תבשרו בחוצות אשקלון, פן תשמחנה בנות פלשתים…".

ניצן דוחה על הסף  את מתן האפשרות שלא לחקור ראש ממשלה מכהן וכותב: "בעיני, מדובר בגישה מוטעית לחלוטין. מתן אפשרות לנשיא מכהן, או לכל מנהיג אחר, להמשיך בכהונתו תוך התעלמות מחשדות פליליים ממשיים שעלו נגדו, הוא-הוא שיפגע במדינה, בכבודה ובמעמדה – והוא גם שיפגע בכבודו ובמעמדו של איש הציבור".
הוא מסביר כי במקרה כזה בו מנהיג ציבור יהיה חסין מחקירות פליליות,  אמון הציבור במנהיגו יתערער. "במצב כזה, המשך הכהונה יהא תחת "חשרת עננים". אמון הציבור במנהיג כזה יתערער וילך והשמועות לגביו תלכנה ותגברנה. את התקשורת אי אפשר יהיה לחסום, ולפיכך ילכו ויתפרסמו בה עדויות מחשידות נגדו, שאותן איש לא יברר, כביכול, כדי לא לפגוע בכבודו. אך ללא ספק הדבר דווקא יפגע בכבודו, במעמדו ובאמון הציבור בו".
בעימות שנערך הבוקר בין חבר הכנסת, דוד אמסלם לחברת הכנסת סתיו שפיר ממפלגת העבודה – המחנה הציוני, הגיב אמסלם וטען כי לציבור נמאס מצב בו ראשי ממשלה נחקרים בעת כהונתם. "מה שחמור הוא המעשה הפסול בו המשטרה תחליף ראש ממשלה במקום בהליך של בחירות", אמר אמסלם והוסיף: "נמאס לנו לראות שראשי משלה במהלך ה 20 שנה האחרונות נחקרים בחשדות לפלילים ואם לא נפעל יחקרו ראשי ממשלה גם ב 20 שנה הבאות".
אמסלם התייחס לדבריו של ניצן ותקף: הוא רק פקיד ציבור שלא יגיד לי מה דעתו (…) זה לא התפקיד שלו.

אמסלם: "גם אם הוא פרקליט המדינה, בסוף הוא רק פקיד. אם יש לו השגות על החוק, שיבוא לוועדה בכנסת שתדון בהצעה ויציג שם את עמדתו. לשאול את שי ניצן זה כמו לשאול את החתול ששומר על השמנת. הוא אחראי על כל החקירות. כמו שאני לא אומר לשי ניצן מהי דעתי על חקירות שהוא מנהל, שלא יגיד לי מה דעתו על חוקים שאני מקדם. זה לא התפקיד שלו. יש פה ערבוב תחומים. זו לא הדרך ועל התוכן וודאי שאני לא מסכים אתו. למצב הנוכחי בישראל אין אח ורע בעולם כולו".
ב-2013 מנתה שרת המשפטים לשעבר,  חברת הכנסת ציפי לבני את ניצן לתפקידו הנוכחי והימין התנגד חריפות:  "אני קוראת לשרי הממשלה לסרב להשתתף כמריונטות בהצגת השיבוט הגנטי של מינוי שי ניצן. (…) ממשלה שממנה במו ידיה פרקליט מדינה שעמדתו העוינת כלפי ההתיישבות ביו"ש ידועה לכל – לא תוכל לקבול אח"כ שהדרג המשפטי אונס אותה למדיניות המנוגדת לרצונה. על הממשלה להתעשת ומיד!", אמרה ח"כ אורית סטרוק (הבית היהודי).