הרב  הראשי לישראל לשעבר, הרב אליהו בקשי דורון, הואשם הבוקר (שני) בעבירה של קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות. מכתב האישום, שהוגש הבוקר לבית המשפט המחוזי בירושלים, עולה כי הרב הורה להנפיק תעודות הסמכה כוזבות לרבנות, שבעקבותיהן אנשי כוחות הביטחון קיבלו (או היו מוסמכים לקבל) מאות מיליוני שקלים מהמדינה כתוספות שכר וכתוספות פנסיוניות בעתיד.

מדובר בפרשה שכונתה בזמנו "תיק הרבנות", בה קיבלו כ-1,500 אנשי צבא ומשטרה תעודות המעידות שקיבלו הסמכה להשכלה תורנית. באמצעות תעודות אלו קיבלו ה"מוסמכים" תוספות שכר בסכום של מאות מיליוני שקלים מהמדינה, כשלמעשה לא היה בסיס חוקי לתשלום.

מכתב האישום עולה כי בין השנים 1999 ל-2003, הורה בקשי-דורון לרב יצחק אוחנה, מנהל מחלקת הבחינות והסמכה ברבנות, לאשר את אישורי ההסמכה של בקשות שהתקבלו במישרין או באמצעות מתווכים לתעודות השת"ג (השכלה תורנית גבוהה). בשם כל תלמיד כזה הוגשה בקשה שהכילה מסמכים שונים שהתייחסו לתלמיד. חלק ניכר מהבקשות כללו מסמכים מזויפים, המכילים נתונים כוזבים ביחס להיקף האמיתי של הלימודים – שעות הלימוד, שנות הלימוד, נושאי הלימוד ורמתם, לימודים קודמים והתחייבות עתידית להמשך לימודים.

על פי כתב האישום הנחה הרב בקשי דורון את אוחנה לנפק את התעודות תוך כדי "העלמת עין" ו"לסגור עניין".  הרב הראשי לשעבר מואשם כי עשה כך ביודעו שלמעשה אין המבקשים זכאים לקבל את תעודות ההסמכה וכי אינם עומדים בקריטריונים הנדרשים לשם כך, גם לא בקירוב. כך, לדוגמה, הדרישה מתלמיד כזה שיהיו לו לפחות חמש שנות לימוד בישיבה גבוהה, לא התקיימה ברבים מן המקרים.

נטען עוד, כי הרב הראשי לשעבר ידע שבאמצעות תעודות ההשת"ג יזכו בעלי התעודות להטבות שכר משמעותיות מקופת המדינה. הנאשם ידע כי מדובר במסגרות לימוד רבות ושונות שנפתחו ברחבי הארץ, וכי מדובר, לכל הפחות, במאות רבות של תלמידים שיזכו בעקבות מעשיו והנחיותיו לתוספות שכר משמעותיות ביותר על חשבון קופת הציבור. הרב הואשם בעבירות של קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, ניסיון לקבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, מתן תעודה כוזבת, מרמה והפרת אמונים.

בתגובה לתקשורת מסרו  פרקליטיו של הרב: "מצער מאוד כי לאחר למעלה מחמש שנים לאחר שהפרקליטות הודיעה לרב בקשי דורון על סגירת התיק נגדו וכי לא יוגש נגדו כתב אישום, החליטה הפרקליטות עכשיו לשנות את עמדתה ולהגיש בכל זאת כתב אישום נגד הרב שהוא בן 72 שנים, וזאת כ-12 שנים לאחר האירועים. לגופם של הדברים, הרי שאין יסוד כלשהו להעמדתו לדין פלילי של הרב בקשי דורון, לא נפל רבב כלשהו במעשיו, וגם הפרקליטות עצמה אינה חולקת על-כך שהרב בקשי דורון לא קיבל דבר לידיו. אנו סמוכים ובטוחים אפוא כי בית המשפט יזכה את הרב מכל אשמה. נדגיש, כי העמדתו לדין של הרב בקשי דורון היא עוול חמור כלפי האדם היחיד שנלחם בכל מאודו בתופעת המכללות ללימודי אנשי כוחות הביטחון, ואשר עשה כל שביכולתו כדי שהלומדים במכללות לא יקבלו כסף שלא כדין מקופת המדינה".

הרב בקשי דורון נולד בירושלים  ולמד בישיבת חברון הליטאית. בשנת 1970 מונה לרב שכונה בבת ים ואחר כך מונה לרב הראשי הספרדי של העיר ומאוחר יותר, לרבה של העיר חיפה. ב-1993 מונה ל"הראשון לציון" – הרב הראשי הספרדי לישראל, תפקיד בו כיהן עד שנת 2003, לצד הרב ישראל לאו.

מחלוקת גדולה נתגלעה בינו לבין הרב יוסף שלום אלישיב על רקע סירובו לבטל את השימוש ב"היתר מכירה" בשנת השמיטה. בשל הסכסוך הוא הוקע בביטאון הליטאים, יתד נאמן, שם לא מצמידים לשמו את התואר "רב". הוא ידוע בעמדותיו המתונות, גם בעניינים מדיניים, ובכך שצידד בהנהגת נישואים אזרחיים בישראל כדי למנוע ניאוף וממזרות.

.