היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, הורה לפתוח בחקירה פלילית  מצומצמת, בגבולות צה"ל, נגד הרמטכ"ל לשעבר גבי אשכנזי, עוזרו אל"מ ארז וינר ויתכן כי גם נגד גורמים אחרים בצבא בהקשר ל"התנהלות שאיננה הולמת קצין". כך נחשף הערב (שלישי) בחדשות ערוץ 10. מדובר בחקירה שתתמקד בעבירה זו בלבד.

וינשטיין, כך נודע, קיים התייעצויות בנושא עם גורמי הפרקליטות הצבאית שהתנגדו לחקירה זו ועם גורמים נוספים ולבסוף הגיעו לידי הסכם פשרה במסגרתו אושרה חקירה של אשכנזי ועוזרו בנושא זה. 

אשכנזי התייחס הערב בחומרה לפתיחת החקירה ודרש שתתקיים חקירה גם לגבי הממצאים החמורים שעלו בדו"ח המבקר ביחס לשר הביטחון, אהוד ברק, והתנהלות לשכתו. עוד אמר כי מסר את כל המידע ברשותו בחקירת המשטרה ולמבקר.

מקורבים לאשכנזי אמרו הערב, כי הראשונים שקראו לפתוח בחקירה פלילית היו הרמטכ"ל לשעבר ועוזרו וינר. זאת, לאחר שעלתה סדרה של שאלות קשות לגבי אופן ההתנהלות של אנשי לשכת שר הביטחון וספקות לגבי מעורבותו של סא"ל במיל', בועז הרפז, בפרשה. 

המקורבים טענו עוד, כי נכון לעכשיו שום גורם רשמי מלשכת היועץ המשפטי לממשלה או כל גורם אחר בצה"ל לא פנה ואישר את הפרסומים הללו, לפיהם תפתח חקירה פלילית.

יו"ר הוועדה לביקורת המדינה בכנסת, ח"כ אורי אריאל, שקרא לא מזמן להקים ועדת חקירה ממלכתית בפרשה, אמר הערב: "אני חושב שההחלטה של היועמ"ש לפתוח בחקירה פלילית נגד אל"מ וינר והרמטכ"ל לשעבר גבי אשכנזי היא התחלה טובה. אני חושב שצריכה להיות חקירה פלילית נגד כל המעורבים בפרשה. אני קראתי את כל התמלילים, אך לא אוכל להתייחס אליהם כי הם מסווגים. אבל היו דברים שידועים לכולם ועבורי הם היו חמורים. כמו העובדה שבמשך ארבעה ימים מחפשת מדינה שלמה את המסמך המזויף ורק אחרי ארבעה ימים נזכר גבי אשכנזי לספר למשטרה שהמסמך אצלו במגירה".

מתנועת אומץ נמסר, שהתנועה היא זו ש"הייתה הראשונה לעתור נגד ההחלטה לא לפתוח בחקירה. תשובת המדינה הייתה כי העתירה מוקדמת וכי טרם הסתיימה עבודת מבקר המדינה בנושא פרשת מסמך הרפז. משהסתיימה העבודה והדו"ח פורסם, מצאנו לנכון להכין עתירה נוספת אך הנה נפתחה חקירה פלילית, אך היא מוגבלת ומתמקדת בשתי דמויות בלבד. אנחנו מתעקשים שכל הפרטים המזעזעים שעלו מהפרשה הזו ייחשפו".

בחודש פברואר 2011 הורה וינשטיין על קיום בדיקה, שמטרתה הייתה לבחון אם קיימת תשתית ראייתית לפתיחה בחקירה פלילית בפרשה ולא בעניין פרשיית זיוף המסמך עצמו. בעניין זיוף המסמך הודיעה הפרקליטות כי הרפז יועמד לדין פלילי בנושא זה ובנפרד. לאחר הבדיקה הגיע וינשטיין להחלטה שאין מקום לחקירה פלילית בפרשת הרפז מעבר לזיוף המסמך עצמו. מאז ועד היום נמסרו עדויות נוספות והועלו טענות מצד שני הצדדים, סמוך למועד הפרסום של דוח מבקר המדינה בנושא ואחריו. לפני כשבועיים החליט הרמטכ"ל בני גנץ להדיח מצה"ל את וינר, בעקבות הדו"ח, והודיע שאם יצטרכו "לנקות עוד בשר מעצמות הפגר", הוא יעשה כך.