כוחות הביטחון עצרו הלילה (ראשון) בג'נין את שני האסירים הנמלטים, כשבועיים אחרי שברחו מכלא גלבוע עם ארבעה אסירים נוספים. לאחר מעצרם החלו חילופי אש בין פלסטינים לכוחות צה"ל ומשטרה שהיו במקום. לא דווח על נפגעים בתקרית. בעקבות מעצר האסירים, הועלתה הכוננות בדרום מחשש לירי רקטות מרצועת עזה.
שני האסירים, פעילי הג'יהאד האיסלאמי איהאם כממג'י ומונאדל אנפיעאת, הסתתרו יחד בימים האחרונים בבית בג'נין. בעקבות מידע מודיעיני שהגיע לידי שב"כ, הגיעו הלילה כוחות ימ"מ למבנה וכיתרו אותו – אז יצאו שני האסירים והסגירו את עצמם ללא התנגדות. בג'נין דווח על ידי הפלסטינים כי כממג'י התקשר לאביו לאחר שהכוחות כיתרו את הבית והודיע לו שהוא מתכוון להסגיר את עצמו כדי לא לגרום לפגיעה בתושבי הבית. שני פלסטינים החשודים כי סייעו לאסירים בבריחתם נעצרו גם כן.

אביו של האסיר הנמלט איהם כממג׳י סיפר שבשעה 1:30 בלילה הוא קיבל שיחת טלפון מהבן שלו איהם  — ואיהם אמר לו שכוחות הביטחון מכתרים את הבית שבו הוא מסתתר מכל הכיוונים והסביר לאביו שבתוך הבית יש משפחות והוא לא רוצה לסכן גם את חייהם במידה והחיילים יסתערו פנימה לכן הוא החליט להסגיר את עצמו — שלא יקרה אסון למשפחה שהוא הסתתר אצלם. בסמוך למעצרם עורך אתר החדשות הפלסטיני GAZA NOW  שבפייסבוק העלה פוסט בו לעג להסגרת האסירים וכתב כי בעזה לא היו מלשינים כמו בג'נין. תוך דקות ספורות האתר קבל מאות ואלפי תגובות נזעמות מהציבור הפלסטיני. רבע שעה לאחר העלאת הפוסט הלועג לרשת, הוא נמחק והוסר.

רגע ההשתלטות (צילום: דובר צה"ל)

סיכום המבצע: סגן מפקד חטיבת בנימין סא"ל אלון חנוני (צילום: דובר צה"ל)

כאמור, במהלך הלילה, נכנסו כוחות צה"ל, ימ״מ, שב״כ וסיירת 'חרוב' למרחב העיר ג'נין, ביצעו פעולות בידוד וכיתור שכללו ירי סביב המבנה בו הסתתרו המחבלים הנמלטים שיצאו כשהם אינם חמושים וללא התנגדות. יחד עם המחבלים נעצרו שני סייענים. כלל העצורים הועברו להמשך חקירת כוחות הביטחון. בעת יציאת הכוחות מהעיר התפתחו הפרות סדר במספר מוקדים במהלכן מפרי הסדר יידו אבנים והשליכו מטענים לעבר הכוחות וכן חמושים ירו במרחב. על המבצע בפיקוד המרכז פיקד תת-אלוף יניב אלאלוף, מפקד אוגדת יהודה ושומרון. בחפ"ק אלוף-משנה אריק מויאל, מפקד חטיבת 'מנשה'.
ראש המשלה נפתלי בנט הגיב ללכידת האסירים ואמר: "תם ונשלם. כל ששת המחבלים נתפסו ויחזרו לכלא, במבצע מרשים, מתוחכם ומהיר של השב"כ, המשטרה וצה"ל. אני רוצה להודות לכוחות הביטחון שפעלו, לילות כימים, גם בשבת ובחג, כדי להביא את האירוע לידי סיום", הוא התייחס לליקויים שהתגלו ובעטיים התאפשרה חפירת המנהרה והבריחה: "את מה שהתקלקל – אפשר לתקן."