משטרת ישראל נערכת לקראת כניסת יום הכיפורים. הכוננות המשטרתית, שהחלה ערב ראש השנה, תימשך במהלך הצום ותסתיים בתום חג הסוכות. במהלך ימים אלו יעבדו אלפי שוטרים בפריסה מלאה ויוצבו בין היתר במחסומים, בכניסות לערים, בריכוזי קהל ובמקומות רגישים.

במד"א נערכים בכוננות שיא לקראת צום יום הכיפורים, במיוחד בשל החשש מפציעות בקרב רוכבי אופניים וצפי לצמים שיחושו ברע. מנכ"ל מד"א, אלי בין, הנחה את מנהלי המרחבים לעבור לרמת כוננות ג', שהיא הגבוהה ביותר, וזאת עד מוצאי יום כיפור. תחנות מד"א המרכזיות יתוגברו בחובשים, פרמדיקים, אמבולנסים וניידות טיפול נמרץ. על פי הנתונים של מד"א, מטופלים מדי יום כיפור כ-200 בני אדם.

במחוז ירושלים יוצבו כוחות משטרה, מג"ב ומתנדבים במחסומים, על מנת למנוע תנועת כלי רכב ממזרח למערב העיר, זאת במיוחד כדי למנוע חיכוכים בין ערבים ליהודים. במשטרה מדגישים, כי יימצאו חלופות נסיעה לתושבי מזרח הבירה. גם בצירי המתפללים בבירה צפויה אבטחה מוגברת, כדי למנוע יידוי אבנים. כמו כן, תהיה נוכחות מוגברת של משטרת התנועה בכניסה וביציאה מהעיר, לפני כניסת החג ובצאתו.

בתל אביב תיכנס המשטרה להיערכות מיוחדת במשמרת כפולה, שתישאר כך עד צאת החג. בנוסף לאבטחה סביב בתי הכנסת, צפויה גם שמירה על בתי מלון ותגבור כוחות בשכונות מסוימות ביפו. מחר, רביעי, יתפרסו ניידות בנקודות מרכזיות וינועו רק במקרי חירום.

על פי ניסיון העבר בתל אביב, נלמד שביום כיפור ישנם מקרים רבים של שוד אופניים ולכן יתפרסו כוחות רבים של מג"ב, יס"מ ובלשים באיזור התחנה המרכזית ובטיילת הרברט סמואל.  מבחינת תנועה, צפויים בעיר עומסים במרכזי הקניות וכשעתיים אחרי צאת החג צפויים פקקים בצירים הראשיים באיזור.

במחוז צפון ומרחב חוף המשטרה תתגבר ותאבטח את צירי התנועה הראשיים באיזורים הגובלים בערים, כדי למנוע יידוי אבנים על מכוניות חולפות.

בעכו תיערך המשטרה בשילוב האבטחה של עיריית עכו,  למניעת התפרעויות בנקודות חיכוך בין ערבים ליהודים. במספר נקודות יוצבו מחסומים בעיר. במשטרה עוד זוכרים בבירור את מאורעות יום הכיפור 2008, אז נעצרו 54 בני אדם לאחר התפרעויות קשות.

בקריות שליד חיפה, נמסר כי ארגון המתנדבים "איחוד הצלה" יפעיל מרפאה באיזור בתי הכנסת ברחוב המייסדים בקריית-אתא. במהלך כל הצום ישהו במקום חובשים מתנדבים ובחלק מהזמן יהיה במקום רופא.

בדרום הונחו שוטרי משטרת לכיש והסביבה לשאת איתם נשק גם כשאינם בתפקיד. בתי החולים ברחבי הארץ ימשיכו לעבוד במתכונת שבת.

נמלי תעופה – נמלי תעופה בן גוריון ושדה דוב סגרו את שעריהם מהשעה 13:00, אז המריאה הטיסה האחרונה מישראל. נמלי התעופה יחזרו לפעול מחר (רביעי) בשעה 21:15.

מסופי כניסה ויציאה מישראל – מסוף אלנבי נסגר ב-11:00 לתנועת נוסעים. מסופי נהר הירדן, יצחק רבין וטאבה נסגרו שעה לאחר מכן. מסופי המטענים ניצנה, אלנבי, נהר הירדן ויצחק רבין נסגרו ב-11:00 ויישארו סגורים עד יום חמישי. מסוף טאבה ייפתח לאחר צאת יום כיפור בשעה 21:00.

צה"ל הטיל סגר כללי בשטחים החל מיום ב' בחצות, על פי החלטת הרמטכ"ל, רא"ל בני גנץ. הסגר יימשך עד לאחר יום כיפור. דובר צה"ל מסר, כי הסרת הסגר תתבצע ביום רביעי, 26 בספטמבר, בשעה 23:59 ובהתאם להערכת המצב. במהלך הסגר יותר מעבר במקרים הומניטאריים ורפואיים בלבד ובכפוף לאישור המנהל האזרחי.