המבקר בדק את ממשקי העבודה בין משרד החוץ למשרד התעשייה, המסחר והתעסוקה בתחום קידום סחר החוץ של ישראל, וכן ממשקי העבודה בין ראשי הנציגויות של ישראל בעולם ובין נספחי התמ"ת הפועלים בנציגויות בתחום זה.

המבקר מצא כי בתחום סחר החוץ פועלים משרד החוץ ומשרד התמ"ת ללא מערכת מובנית המאפשרת תיאום ביניהם. "בהיעדר כללים ברורים לעבודה משותפת בנציגויות ובהיעדר שיתוף פעולה מובנה בין המטות של שני המשרדים נוצרות כפילויות בעבודתם של הנציגים הכלכליים בנציגויות, והדבר גורם לבזבוז משאבים ואבדן מידע. יתרה מזו, חלוקת האחריות בין הגורמים בנציגות אינה ברורה, ולכן יחסי העבודה תלויים ביחסים האישיים בכל נציגות. ניסיונות שנעשו, בשיתוף הגורמים השונים העוסקים בתחום סחר החוץ, לגיבושה של מערכת הרמונית לא צלחו, ובמשך השנים לא חל בנושא שינוי של ממש".

המבקר אומר כי ריבוי ההצעות שהועלו בעבר והוועדות שהוקמו ליישוב המחלוקות בין שני המשרדים, בלי שמסקנותיהן יושמו – כל אלה מלמדים כי על הנהלות המשרדים לנקוט עתה פעולה תכליתית כדי ליישב את המחלוקות האמורות. עליהם לקבוע את תחומי האחריות של כל משרד ולהסדיר את חלוקת התפקידים בין המשרדים.

מתכונת פעולה סדורה, אומר המבקר, מחייבת כי החלטות על הוספת משרות חדשות בתחומים כלכליים לתקן הנציגויות יתקבלו לאחר התייעצות משותפת בין הדרגים המקצועיים של שני המשרדים. על מטות המשרדים לפעול במשותף לתיאום חלוקת התפקידים בין הנציגים הכלכליים והעובדים המקומיים הכלכליים.

עוד קובעת הביקורת כי על משרד החוץ ומשרד התמ"ת לשתף פעולה בעת הכנת תכניות העבודה השנתיות שלהם בתחומי סחר החוץ והדיפלומטיה הכלכלית, לקראת קביעת מדיניות אחידה ומתואמת בתחומים הכלכליים. על מנכ"לי שני המשרדים להנחות במשותף את משרדיהם לשתף פעולה בגיבוש תכניות העבודה הכלכליות בנציגויות, לרבות עיון הדדי בטיוטות תכניות העבודה ומתן הערות, ולקבוע מועד מתואם להכנת תכניות העבודה. נוסף על כך, על המשרדים להסדיר את התיאום ביניהם בנוגע להכנת תכניות עבודה בנושאים כלכליים בנציגויות שבהן אין ייצוג למשרד התמ"ת.

עוד אומר המבקר כי על משרד התמ"ת להדגיש לפני נספחי התמ"ת בנציגויות את חובתם לפעול על פי הוראות תקנון שירות החוץ, הקובע את כפיפותם הכללית של כל השליחים והעובדים בנציגות לראש הנציגות – הנושא באחריות כוללת כלפי מדינת הכהונה לפעולותיה של הנציגות.